合同诈骗立案后，被害人不愿意撤销合同是合法的，且一般情况下案件不会因被害人的意愿而撤销。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同诈骗案件的性质决定了被害人无权直接撤案
合同诈骗属于公诉案件，由检察机关代表国家进行追诉，目的是追究犯罪嫌疑人的刑事责任，维护社会秩序和法律尊严。因此，案件的立案、侦查、起诉和审判等程序均由司法机关依法进行，不取决于被害人的个人意愿。即使被害人不愿意撤销合同，或者双方已经达成和解、被害人获得了赔偿，也不能直接导致案件的撤销。
二、特定情况下司法机关可能依法撤案或不起诉
虽然被害人无权直接撤案，但在某些特定情况下，司法机关可能会依法决定撤销案件或不起诉。这些情况通常包括：
情节显著轻微、危害不大：如果合同诈骗的行为情节显著轻微，社会危害性不大，不认为是犯罪，司法机关可能会依法撤销案件。
过了追诉时效：如果合同诈骗的行为已经超过了法律规定的追诉时效期限，司法机关将不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
其他法定情形：如经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人死亡等法定情形，司法机关也可能会依法撤销案件或不起诉。
三、被害人的意愿和态度对案件处理的影响
虽然被害人的意愿不能直接决定案件的撤销，但被害人的态度和意愿在案件处理过程中仍然具有一定的参考价值。例如：
和解与谅解：如果双方达成和解协议，被害人表示谅解，这可以作为从轻处罚的情节在量刑时予以考虑。但这并不意味着案件会被撤销，而是可能影响犯罪嫌疑人的刑罚轻重。
反映意见：被害人可以向办案机关反映自己的意见和诉求，办案机关会依法予以考虑。但最终的处理结果仍然由司法机关根据事实和法律来决定。
四、法律建议
积极配合司法机关：作为被害人，您应该积极配合司法机关的调查和取证工作，提供必要的证据和信息，以便司法机关能够依法公正地处理案件。
理性表达诉求：如果您对案件的处理有异议或诉求，可以通过合法途径向办案机关反映，但应该保持理性，避免采取过激行为。
寻求法律帮助：如果您在案件处理过程中遇到法律问题或困惑，可以及时向我这样的专业律师咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来看，合同诈骗立案后，被害人不愿意撤销合同是合法的，且案件一般不会因被害人的意愿而撤销。但被害人的态度和意愿在案件处理过程中仍然具有一定的参考价值。如有任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。