保密协议中甲方写成乙方，该协议并不必然无效，但可能因主体混淆导致协议效力受影响，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议主体身份对协议效力的影响

• 主体明确是协议有效的前提：保密协议作为合同的一种，其有效性首先取决于主体是否明确。若协议中甲方与乙方身份混淆，可能导致协议条款指向不明，进而影响协议的整体效力。
• 实际履行情况：若双方在实际履行过程中，均按照协议内容（尽管甲方写成乙方）实际履行了保密义务，且未因此产生纠纷，那么从实际履行的角度看，该协议可能被视为有效。但这种情况存在法律风险，一旦发生纠纷，可能因主体身份不明确而难以维护自身权益。

2. 协议内容与形式的合法性

• 内容合法性：保密协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。若协议内容合法，仅因甲方写成乙方而导致的主体混淆，并不直接导致协议无效。
• 形式合法性：协议的形式也需符合法律规定，如需书面形式等。若协议形式合法，但主体身份混淆，可能影响协议的证明力，但不一定导致协议无效。

3. 可能的法律后果与建议

• 法律后果：若因甲方写成乙方而导致协议主体不明确，一旦发生纠纷，可能面临举证困难、协议条款解释争议等问题，甚至可能导致协议被认定为无效或部分无效。
• 建议：
  • 修正协议：发现协议中甲方写成乙方后，应及时与对方协商，修正协议中的主体身份，确保协议主体明确。
  • 补充协议：若已实际履行且难以修正原协议，可考虑签订补充协议，明确原协议中的主体身份及各方权利义务。
  • 法律咨询：在签订或履行保密协议过程中，若遇到主体身份混淆等法律问题，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。

4. 特殊情况下的协议效力

• 若双方均认可主体身份：若双方在实际履行过程中，均认可协议中的主体身份（尽管甲方写成乙方），且未因此产生纠纷，那么从双方真实意思表示的角度看，该协议可能被视为有效。但这种情况仍存在法律风险，建议尽快修正协议。
• 第三方权益影响：若保密协议涉及第三方权益，如保密信息涉及第三方知识产权等，那么主体身份的混淆可能对第三方权益产生影响，进而影响协议的效力。

总结来看，保密协议中甲方写成乙方并不直接导致协议无效，但可能因主体混淆导致协议效力受影响。为确保协议的有效性及自身权益的保障，建议及时修正协议中的主体身份或签订补充协议明确各方权利义务。若遇到法律问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。