股东知晓公司的协议，并不能直接推断出股东认可该协议。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、知晓与认可的法律区别

1. 知晓：股东知晓公司的协议，仅表示其对该协议的内容有所了解，可能通过阅读、听取汇报或其他方式得知了协议的存在和内容。
2. 认可：股东认可公司的协议，则意味着其同意协议中的条款，愿意按照协议的规定行使权利和履行义务。这通常需要股东以明确的方式表示，如签署协议、出具书面同意意见等。

二、股东知晓协议但未明确表示认可的情况

1. 沉默不视为认可：在法律上，股东的沉默（即未明确表示反对或同意）通常不被视为对协议的认可。除非有特别约定或法律规定，否则不能仅凭股东知晓协议就推断其认可。
2. 可能存在的异议：股东知晓协议后，可能对协议中的某些条款持有异议，但由于各种原因（如等待进一步协商、考虑其他股东的意见等）而未立即表达。这种情况下，更不能推断股东认可协议。

三、股东认可协议的明确方式

1. 签署协议：股东通过签署协议的方式明确表示其认可协议中的条款。
2. 出具书面同意意见：在某些情况下，股东可能通过出具书面同意意见的方式来表示对协议的认可。
3. 行为表示：股东通过实际行为（如按照协议的规定行使权利、履行义务）来表示其认可协议。但这种方式需要结合具体情境来判断，且可能存在一定的争议。

四、法律建议

1. 明确股东意见：为了避免因股东知晓协议但未明确表示认可而引发的纠纷，建议公司在制定和执行协议时，明确要求股东以书面形式表示其是否认可协议。
2. 完善公司治理结构：公司应完善其治理结构，确保股东能够充分参与公司决策过程，并对公司的重要事项（如协议的制定和执行）发表意见。
3. 保留相关证据：公司应妥善保留与股东沟通协议的相关证据（如邮件、会议记录等），以便在需要时证明股东对协议的态度和意见。

举例说明：假设某公司制定了一份新的股东协议，并通知了所有股东。部分股东表示已知晓该协议，但未明确表示是否认可。在这种情况下，公司不能仅凭股东知晓协议就推断其认可，而应进一步与股东沟通，明确其意见。如果股东最终未签署协议或出具书面同意意见，则公司应谨慎执行该协议，以免引发纠纷。

综上所述，股东知晓公司的协议并不能直接推断出其认可该协议。在处理此类问题时，公司应谨慎行事，确保股东的意见得到明确表达，并妥善保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。