即便在检察院阶段未签署认罪认罚具结书，且检察院量刑建议为三年，法院仍会依据事实和法律进行独立审判，最终判决结果可能因案件具体情况而有所不同。以下从不同角度为您详细分析：
一、法院审判的独立性
法院在审判过程中，不受检察院量刑建议或被告人是否签署认罪认罚具结书的绝对影响。法院会全面审查控辩双方提交的证据，依据事实和法律作出公正判决。这意味着，即使检察院提出了三年的量刑建议，法院也有权根据案件实际情况调整量刑。
二、有罪判决的情况
证据充分：如果法院经审理认为，案件证据确实、充分，能够证明被告人构成非法经营罪，且犯罪情节严重，那么法院会依法作出有罪判决。此时，由于被告人未签署认罪认罚具结书，无法享受认罪认罚从宽制度带来的量刑优惠，因此法院可能会按照正常的量刑标准进行判决，量刑可能接近或等于检察院提出的三年建议，也有可能根据具体案情有所调整。
量刑依据：法院在量刑时，会综合考虑被告人的犯罪情节、社会危害程度、悔罪表现等因素。如果被告人虽然未签署认罪认罚具结书，但在庭审中表现出真诚的悔罪态度，如实供述自己的罪行，法院在量刑时可能会酌情从轻处罚，但这种从轻处罚的幅度通常不如签署认罪认罚具结书的情况。
三、无罪判决的情况
如果法院经审理认为，案件证据不足，不能认定被告人构成非法经营罪，那么法院会依据“疑罪从无”的原则，作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这体现了法律对被告人合法权益的保障，即使检察院提出了量刑建议，也不能成为法院定罪量刑的唯一依据。
四、当庭认罪的情况
在庭审过程中，如果被告人当庭自愿认罪，并且如实供述自己的罪行，法院在量刑时一般会酌情从轻处罚。这种从轻处罚的幅度虽然不如签署认罪认罚具结书的情况，但仍然体现了法律对被告人悔罪表现的认可。然而，需要注意的是，这种从轻处罚并不意味着法院会完全采纳检察院的量刑建议，而是会根据案件具体情况进行综合判断。
五、法律建议
积极配合庭审：无论是否签署认罪认罚具结书，被告人都应积极配合庭审，如实供述自己的罪行，表现出真诚的悔罪态度。这有助于法院在量刑时酌情从轻处罚。
寻求专业法律帮助：面对刑事指控，被告人应寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权利和义务，制定有效的辩护策略。
关注证据情况：被告人应密切关注案件证据的收集和提交情况，确保自己的合法权益得到保障。如果发现证据存在问题或不足，应及时向法院提出异议。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，法院的判决结果也会因案件事实、证据情况、被告人态度等多种因素而有所差异。因此，如果您或您身边的人面临类似的法律问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。