对于同时违反《土地管理法》与《城乡规划法》的行为，是否分开处罚不能一概而论，需结合具体违法情形、法律适用规则及行政处罚原则来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 管辖权与法律适用：两部门可分别管辖，但需避免重复处罚

• 管辖权划分：根据《土地管理法》和《城乡规划法》，自然资源主管部门（负责土地管理）和城乡规划主管部门（负责规划许可）对同一违法行为均可能享有管辖权。例如，未取得用地批准手续且未取得乡村建设规划许可证的建设行为，两部门均可介入。
• 法律适用原则：若同一行为同时违反两法，需根据《行政处罚法》第二十九条处理。该条规定，同一违法行为违反多个法律规范应给予罚款处罚的，按罚款数额最高的规定执行。这意味着，若两法均规定罚款，处罚时需择一重罚，而非叠加处罚。

2. 违法行为性质：区分“单一行为”与“复合行为”

• 单一行为：若违法行为本质为同一行为（如未批先建），仅因涉及土地和规划两个领域而触犯两法，通常视为“一个违法行为”，按上述原则择一处罚。
• 复合行为：若行为包含多个独立环节（如先非法占地，后违规建设），且每个环节均独立违反两法，则可能面临分别处罚。例如，非法占地行为按《土地管理法》处罚，违规建设行为按《城乡规划法》处罚。

3. 处罚种类与执行：非罚款处罚可并行

• 罚款处罚：如前所述，罚款需按最高额执行，避免重复。
• 非罚款处罚：责令退还土地、拆除建筑物、没收违法所得等非罚款处罚，可依据两法分别执行。例如，自然资源部门可责令退还非法占用土地，规划部门可责令拆除不符合规划的建筑物。

4. 实务操作建议

• 行政机关协调：实践中，两部门可能通过联合执法或内部协调避免冲突。例如，广东省自然资源厅明确，对违法占用建设用地和未利用地的行为，责令退还土地并处罚款；对地上建筑物，由当事人与合法土地所有者协商处置，涉及规划违法的，依《城乡规划法》处理。
• 当事人救济途径：若认为处罚不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张处罚违反“一事不再罚”原则或法律适用错误。

5. 典型案例参考

• 案例：某村民未批先建房屋，既未取得用地批准，也未取得规划许可证。自然资源部门责令退还土地并处罚款（按《土地管理法》），规划部门责令拆除建筑物（按《城乡规划法》）。此类处罚因针对不同违法后果（土地占用与规划违反），通常被认定为合法。

总结建议：
若您面临类似情况，需首先明确违法行为的性质（单一或复合），再结合两法的具体处罚条款和行政处罚原则判断。实践中，行政机关通常会协调处理，避免重复处罚，但当事人仍需关注处罚决定的合法性。如有具体案件，可进一步提供细节，我将为您详细分析法律风险及应对策略。