违规占用单位用房产生的费用，原则上应收缴至国库，而非直接退赔给单位，但具体处理需结合占用性质、费用性质及法律程序综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、从违法所得处理原则看

根据《中华人民共和国刑法》第六十四条：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”

• 若占用行为构成犯罪（如贪污、挪用公款等），占用期间产生的费用（如租金收益、使用费等）属于违法所得，应依法追缴并上缴国库，而非直接退赔给单位。
  
• 若占用行为不构成犯罪，但违反单位规章制度或内部管理规定，费用处理需依据单位内部规定或合同约定。若单位明确要求占用者支付费用，且费用性质为“赔偿损失”或“补偿占用损失”，则费用应退赔给单位；若费用性质为“非法收益”（如转租获利），则可能需上缴国库。

二、从费用性质看

1. 费用为“占用损失补偿”
   若占用者因违规占用导致单位产生实际损失（如无法正常使用房屋、需额外支付租金等），且单位能证明损失金额，则占用者应退赔该部分费用给单位。例如：占用者长期占用单位宿舍，导致单位需额外租赁房屋供员工使用，产生的租金差额应由占用者退赔。

2. 费用为“非法收益”
   若占用者将单位用房转租、出借或用于其他营利活动，产生的收益（如租金、转让费等）属于非法所得，应依法追缴并上缴国库。例如：占用者将单位公房转租给他人，收取的租金应上缴国库，而非退赔给单位。

三、从法律程序看

1. 刑事程序
   若占用行为涉嫌犯罪（如职务侵占、挪用资金等），司法机关会依法追缴违法所得，并上缴国库。单位可通过刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼，要求占用者赔偿损失，但赔偿范围仅限于直接经济损失，不包括非法收益。

2. 民事程序
   若占用行为不构成犯罪，单位可通过民事诉讼要求占用者返还房屋、支付占用费或赔偿损失。法院会根据双方证据和法律规定，判决占用者承担相应责任。例如：单位起诉占用者返还房屋，并要求支付占用期间的租金损失，法院可能判决占用者支付租金给单位。

3. 行政程序
   若占用行为违反行政法规（如违规使用公有住房），行政机关可责令占用者限期腾退房屋，并处以罚款。罚款上缴国库，单位可通过其他途径（如内部追偿）要求占用者赔偿损失。

四、实务建议

1. 单位角度

   • 完善内部管理制度，明确用房使用规则和违规处理程序。
     
   • 发现占用行为后，及时收集证据（如占用记录、损失证明等），并通过法律途径维护权益。
     
   • 若占用行为涉嫌犯罪，及时向公安机关报案，配合司法机关追缴违法所得。

2. 占用者角度

   • 立即停止占用行为，腾退房屋并归还单位。
     
   • 主动与单位协商赔偿事宜，避免法律纠纷升级。
     
   • 若占用行为已涉及违法所得，积极配合调查，争取从轻处理。

总结：违规占用单位用房产生的费用处理需结合占用性质、费用性质及法律程序综合判断。原则上，非法收益应上缴国库，直接经济损失可退赔给单位。建议单位和占用者均通过法律途径解决争议，避免自行处理导致法律风险。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询。