可以分开认定协议中工资、借款、投资约定的法律关系。

一. 法律关系认定的基本原则

根据法律的基本原理，一个协议中可能包含多个不同的法律关系，这些法律关系应当根据其各自的内容和性质进行分别认定。例如，在一份劳动合同中，可能既包含工资支付的约定，也包含保密协议的条款，这些不同的约定应当被视为不同的法律关系。

二. 协议中工资、借款、投资约定的法律性质分析

1. 工资约定

   • 法律性质：工资约定属于劳动关系的一部分，受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的调整。它体现了雇主与雇员之间的雇佣关系，即雇员提供劳动，雇主支付报酬。
   • 实例说明：在协议中，如果明确约定了每月的工资数额、支付时间和方式，这部分内容就属于工资约定的范畴，应当被认定为劳动关系中的工资支付条款。

2. 借款约定

   • 法律性质：借款约定属于借贷关系，受《中华人民共和国民法典》中合同编的调整。它体现了出借人与借款人之间的债权债务关系，即出借人提供资金，借款人承诺按期归还本金和利息（如有约定）。
   • 实例说明：在协议中，如果约定了一方向另一方提供资金，并明确了借款金额、借款期限、利息（如有）和还款方式，这部分内容就属于借款约定的范畴，应当被认定为借贷关系。

3. 投资约定

   • 法律性质：投资约定属于投资关系，同样受《中华人民共和国民法典》中合同编的调整。它体现了投资者与被投资者之间的共同出资、共同经营（如有约定）、共享收益、共担风险的关系。
   • 实例说明：在协议中，如果约定了一方向另一方提供资金用于某个项目或企业的投资，并明确了投资金额、投资方式、收益分配和风险承担方式，这部分内容就属于投资约定的范畴，应当被认定为投资关系。

三. 分开认定法律关系的必要性和合理性

1. 必要性：由于工资、借款、投资三种约定分别代表了不同的法律关系，具有不同的法律性质和权利义务内容，因此有必要将它们分开进行认定。这样可以更准确地确定各方当事人的权利和义务，避免法律关系的混淆和纠纷的产生。

2. 合理性：从法律实践的角度来看，分开认定法律关系也是合理的。例如，在劳动争议案件中，法院或仲裁机构会专注于劳动关系的认定和处理；在借贷纠纷案件中，则会专注于借贷关系的认定和处理。同样地，在投资纠纷案件中，也会专注于投资关系的认定和处理。

我建议，在处理这类包含多种法律关系的协议时，应当仔细分析各项约定的内容和性质，并根据不同的法律关系分别进行认定和处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。