法院确认借款协议和投资协议主要依据协议性质、双方真实意思表示、实际履行情况以及相关证据来综合判断。具体来说，法院会从以下几个方面进行审查和确认：

1. 协议性质与条款内容

   • 借款协议：法院会重点审查协议中是否明确约定了借款金额、利息、还款期限等核心条款。若协议内容符合借款合同的法律特征（如固定回报、到期还本付息），且双方无争议，法院通常会认定为借款关系。
     
   • 投资协议：若协议中约定了共同经营、共享收益、共担风险等内容，且实际履行中涉及参与管理、分担亏损等行为，法院更可能认定为投资关系。例如，协议中约定“按出资比例分配利润”或“共同承担经营风险”，则符合投资合同的特征。

2. 双方真实意思表示

   • 法院会通过审查协议签订时的背景、目的以及双方沟通记录（如邮件、聊天记录）等，判断双方的真实意图。例如，若一方主张“名为投资实为借贷”，需提供证据证明对方无参与经营的真实意愿，或存在保底收益等变相借贷条款。
     
   • 若协议中存在模糊条款（如“收益按实际经营情况分配”），法院可能结合行业惯例或交易习惯进行解释。

3. 实际履行情况

   • 借款协议：若出借方仅提供资金，未参与经营，且借款方按约定支付利息或本金，法院会倾向于认定为借款关系。
     
   • 投资协议：若资金方实际参与管理（如委派董事、参与决策），或按约定分担亏损（如项目失败时未要求返还本金），法院会结合履行情况确认投资性质。

4. 证据审查

   • 法院会要求双方提供协议原件、转账记录、沟通记录、财务报表等证据。例如，转账备注为“借款”或“投资款”可能成为关键证据；若一方无法提供投资项目的经营记录或亏损证明，可能影响投资关系的认定。

5. 法律适用与特殊情形

   • 若协议涉及“明股实债”（即形式为股权投资，实为债权债务），法院会穿透审查交易结构，判断是否存在保底收益、强制回购等条款，从而认定实际法律关系。
     
   • 若协议违反法律强制性规定（如非法集资），法院可能直接认定协议无效，并依据实际资金往来处理纠纷。

建议：若您涉及此类纠纷，需提前整理协议文本、履行证据（如转账记录、沟通记录）以及项目经营情况等材料，以便法院全面审查。如有具体协议或案件细节，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您进一步分析。