施工单位没有移交资料，并不直接导致建设工程备案登记证无效或房屋不合法，但可能影响房屋的合法使用及后续权益。以下从不同角度为您详细分析：

一、从建设工程备案登记证的角度

建设工程备案登记证是房屋合法性的重要证明文件之一，它通常要求施工单位提交一系列的工程资料以完成备案。然而，备案登记证的取得主要依赖于工程是否符合规划、设计、施工等法定要求，以及是否通过了相关部门的验收。如果工程本身符合这些要求，并且已经通过了验收，那么即使施工单位没有移交全部资料，也不应直接影响备案登记证的效力。但需要注意的是，如果因资料缺失导致无法完成备案，那么房屋可能无法取得合法的备案登记证，进而影响其合法性和市场流通性。

二、从房屋合法性的角度

房屋的合法性主要取决于其是否符合城市规划、建筑设计、施工安全等法律法规的要求，以及是否取得了相应的规划许可、施工许可等前置审批文件。施工单位没有移交资料，并不直接等同于房屋不合法。但如果这些资料是证明房屋符合相关法律法规要求的关键证据，那么资料缺失可能会间接影响房屋的合法性认定。例如，如果资料中包含了证明房屋结构安全、消防安全等重要信息，那么这些信息的缺失可能会导致房屋在安全性方面受到质疑。

三、从实际使用和权益保护的角度

1. 实际使用：即使房屋在法律上被认定为合法，但如果施工单位没有移交必要的资料（如施工图纸、设备说明书等），可能会给房屋的后续维护、改造等带来困难。这可能会影响房屋的实际使用价值和居住舒适度。

2. 权益保护：对于购房者来说，如果施工单位没有移交资料，可能会导致其在房屋质量保修、设备维护等方面遇到困难。此外，如果未来需要出售或转让房屋，资料缺失也可能会影响房屋的成交价格和流通性。因此，从权益保护的角度来看，购房者有权要求施工单位移交全部资料。

四、法律建议

1. 要求施工单位移交资料：作为购房者或建设单位，您有权要求施工单位按照合同约定移交全部工程资料。如果施工单位拒绝移交，您可以通过法律途径维护自己的权益。

2. 咨询相关部门：如果您对房屋的合法性或备案登记证的有效性有疑问，可以咨询当地的建设主管部门或房地产管理部门。他们可以提供专业的指导和帮助。

3. 完善合同条款：在未来的建设工程合同中，建议明确约定施工单位移交资料的义务和违约责任。这样可以为未来的权益保护提供有力的法律保障。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。