工程款顶账房没有房产证，其合法性不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若顶账房本身具备办理房产证的条件，但尚未办理：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规，房屋作为不动产，其所有权转移需依法进行登记，并颁发房产证。若顶账房是合法建造的，且符合办理房产证的条件（如已通过竣工验收、规划验收等），则仅因未办理房产证并不影响其本身的合法性。但未办理房产证可能影响房屋的交易、抵押等权利行使。
   • 法律建议：对于此类情况，建议尽快办理房产证，以确保房屋所有权的合法性和完整性。若因开发商或相关方的原因导致无法办理，可依法追究其责任。

2. 若顶账房本身不具备办理房产证的条件：

   • 法律背景：若顶账房是违法建筑、小产权房或存在其他无法办理房产证的情形（如未取得规划许可、施工许可等），则此类房屋本身不合法，其交易、抵押等权利行使均受到限制。
   • 法律后果：购买此类房屋可能面临无法办理过户、无法获得合法产权、被强制拆除等风险。同时，若因房屋问题引发纠纷，购房者可能难以通过法律途径维护自己的合法权益。
   • 法律建议：对于此类情况，建议购房者谨慎考虑，避免购买不具备办理房产证条件的房屋。若已购买，应尽快与开发商或相关方协商解决，或依法向相关部门投诉、举报。

额外提醒：

• 在购买工程款顶账房时，购房者应仔细审查房屋的相关证件和资料，包括但不限于规划许可证、施工许可证、竣工验收报告等，以确保房屋的合法性和可办理房产证的条件。
• 若购房者对房屋的合法性存在疑虑，可咨询专业律师或相关部门进行核实和确认。

总结：工程款顶账房没有房产证是否合法，需根据房屋本身是否具备办理房产证的条件来判断。若具备条件但尚未办理，应尽快办理；若不具备条件，则购房者应谨慎考虑并避免购买。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。