结论：员工在不知情但同意公司使用其银行卡过账的情况下，是否需要承担责任，取决于员工对资金流转的具体认知程度以及是否实际参与了违法行为。若员工完全不知情且未参与任何违法行为，则通常不需承担责任；但若员工在同意时对资金流转的性质有所认知，或事后知晓并继续配合，则可能需承担相应责任。
一、员工不知情且未参与违法行为的情况
法律责任分析：
- 根据我国相关法律规定，存款人使用银行结算账户时，不得有违反法律的规定将单位款项转入个人银行结算账户的行为。然而，这一规定主要针对的是账户的实际使用人，即如果员工完全不知情且未参与任何违法行为，仅是提供了银行卡供公司使用，那么员工通常不会被视为违法行为人。
- 在此情况下，员工没有主观故意，也没有实施违法行为，因此不应承担法律责任。
建议：
- 如果员工发现自己银行卡被公司用于过账，且对此完全不知情，应立即与公司沟通，要求公司停止使用其银行卡，并保留相关证据，以防未来可能出现的法律纠纷。
二、员工知情或事后知晓并继续配合的情况
法律责任分析：
- 如果员工在同意公司使用其银行卡过账时，对资金流转的性质（如涉及转移公司财物、漏税或逃税等）有所认知，或者事后知晓并继续配合公司使用其银行卡进行过账，那么员工可能被视为共同违法行为人，需要承担相应的法律责任。
- 根据《人民币银行结算账户管理办法》的相关规定，存款人不得有违反法律的规定将单位款项转入个人银行结算账户的行为。违反此规定的，非经营性的存款人将受到警告并处以1000元罚款；经营性的存款人将受到警告并处以5000元以上3万元以下的罚款。
可能面临的法律后果：
- 员工可能因协助公司进行违法行为而面临行政处罚，如罚款等。
- 如果公司的违法行为构成犯罪，员工还可能因共同犯罪而面临刑事责任。
建议：
- 如果员工在同意公司使用其银行卡过账后，发现资金流转涉及违法行为，应立即停止配合，并保留相关证据。
- 员工应尽快向公司提出异议，并要求公司停止使用其银行卡进行过账。
- 如果公司拒绝停止或员工因此受到法律追究，员工应及时寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
三、其他注意事项
银行卡使用安全：
- 员工应妥善保管自己的银行卡和密码，避免将银行卡借给他人使用，以防被用于非法活动。
法律意识提升：
- 员工应增强法律意识，了解相关法律法规，避免因不知情而卷入违法行为。
及时咨询：
- 如果员工对公司使用其银行卡过账的行为有任何疑问或担忧，应及时咨询专业律师，以获取法律建议和帮助。
总结：员工在不知情但同意公司使用其银行卡过账的情况下，是否需要承担责任取决于其对资金流转的具体认知程度以及是否实际参与了违法行为。为避免潜在的法律风险，员工应增强法律意识，妥善保管自己的银行卡和密码，并在发现任何可疑行为时及时咨询专业律师。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。