当公司主体发生变更时，与供应商签订的合同处理需要遵循一定的法律原则和程序，以确保合同的连续性和有效性。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同主体变更的法律基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，在公司主体变更的情况下，只要与供应商达成一致，就可以对原合同进行相应的变更。同时，如果合同变更的内容约定不明确，法律上会推定为未变更，因此变更内容必须明确具体。
二、合同主体变更后的处理方式
债权转让情形：
- 如果公司作为债权人将债权转让给新的主体（即新公司），只需通知供应商，该转让即对供应商发生效力。
- 原合同除债权人部分发生变更外，其余条款通常继续有效，新公司需向供应商履行原合同约定的义务。
债务承担情形：
- 如果公司作为债务人将债务全部或部分转移给新的主体，需经供应商同意。
- 若供应商同意，原合同除债务人部分发生变更外，其余条款一般继续有效，新债务人承担相应债务。
合同主体合并、分立情形：
- 如果公司合并，由合并后的法人或其他组织行使合同权利，履行合同义务。
- 如果公司分立，除债权人和债务人另有约定外，由分立的法人或其他组织对合同的权利和义务享有连带债权，承担连带债务，原合同依然有效。
三、合同主体变更后的注意事项
审查新主体资质：
- 在变更合同主体前，务必审查新主体的资质、商誉及履行约定的实力，确保新主体能够继续履行原合同。
确保合同权利义务的延续：
- 原有的合同中所规定的权利和义务应当在新的合同中得到充分且合理的延续和继承，避免出现权利义务的真空或冲突。
履行通知和协商责任：
- 公司必须履行必要的通知和协商责任，确保供应商知晓并同意合同主体的变更。
关注员工权益（如涉及）：
- 如果合同主体变更涉及员工劳动合同的换签，需密切关注员工工龄计算、福利待遇、工作岗位等方面的不利变动，确保员工权益不受侵害。
四、法律风险及防范
合同效力风险：
- 确保换签程序合法合规，避免新主体无签约资格、意思表示不真实等情况导致合同无效或可撤销。
债务承担风险：
- 明确原公司债务在换签后的归属，避免新公司被卷入原公司的债务纠纷。
员工权益风险：
- 如涉及员工合同换签，需经员工同意，避免引发劳动纠纷。
履行风险：
- 评估新主体的合同履行能力，确保能够按约提供货物或服务。
五、具体操作建议
与供应商协商：
- 主动与供应商沟通，说明公司主体变更的原因和必要性，争取供应商的理解和支持。
签订补充协议：
- 在原合同基础上签订补充协议，明确合同主体变更后的权利义务关系。
办理相关手续：
- 根据法律法规和合同约定，办理合同变更所需的相关手续，如通知、备案等。
保留证据：
- 保留与供应商沟通、协商的记录以及合同变更的相关文件，以备不时之需。
综上所述，公司主体变更后与供应商签订的合同处理需要遵循法律原则和程序，确保合同的连续性和有效性。通过审查新主体资质、确保合同权利义务的延续、履行通知和协商责任以及关注员工权益等措施，可以降低法律风险并保障各方利益。