自建房建筑工程公司与个人承包的合同是否有效，需视具体情形判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同一般有效的情形
主体资格：合同双方需具备相应民事行为能力，即能够独立实施民事法律行为。对于建筑工程公司而言，通常具备企业法人资格和建筑业从业资格；对于个人而言，需达到法定年龄且精神健康，能够理解并承担合同责任。
意思表示真实：合同双方的意思表示需真实，不存在虚假表意或欺诈、胁迫等情形。这意味着双方在签订合同时，应是基于自愿和平等的基础上进行的。
内容合法：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，比如不能违反建筑工程相关的安全、质量等规定，也不能违背公序良俗，如不能以损害公共利益为目的签订合同。
二、资质相关情况对合同效力的影响
承包人有资质：若承包人（个人或建筑工程公司）具备相应建筑施工资质，则合同有效。这是因为资质是从事建筑工程承包的必要条件，能够确保工程的质量和安全。
承包人无资质但工程合格：若承包人无资质，但建设工程经竣工验收合格，合同一般也有效。不过，这种情况下承包人可能无法主张工程价款优先受偿权等权利。这是因为虽然工程合格，但承包人缺乏资质可能违反了相关法律法规的强制性规定，从而影响了其某些权利的行使。
三、合同无效的情形
欺诈、胁迫等：若合同存在欺诈、胁迫、恶意串通等导致合同无效的情况，则合同自始无效。这是因为这些行为违反了合同法的自愿和平等原则，损害了合同一方的利益。
违反强制性规定：若合同违反法律、行政法规关于建设工程的强制性规定，如未按规定办理相关审批手续（规划许可证、施工许可证等），则合同也可能无效。这是因为这些规定是确保工程质量和安全的重要保障，违反它们将可能导致严重的后果。
四、法律建议与风险提示
签订合同时：务必明确双方的权利义务，详细约定工程范围、工期、质量标准、价款支付等关键条款。这有助于减少后续纠纷的发生，保障双方的合法权益。
选择承包人时：应优先选择具备相应资质和经验的承包人。这有助于确保工程的质量和安全，降低法律风险。
办理审批手续时：应按照规定办理相关审批手续，如规划许可证、施工许可证等。这是确保工程合法性的重要步骤，也是避免合同无效的关键。
出现纠纷时：若施工过程中出现纠纷，如质量纠纷、价款纠纷等，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
举例说明：假设某自建房房主与一家无资质的建筑工程公司签订了承包合同。在施工过程中，由于该公司缺乏经验和资质，导致工程质量不达标。此时，房主可以依据合同法的相关规定，主张合同无效或要求该公司承担违约责任。但如果该工程经竣工验收合格，房主仍需按照合同约定支付工程价款，但该公司可能无法主张工程价款优先受偿权等权利。
综上所述，自建房建筑工程公司与个人承包的合同是否有效，需结合具体情况进行判断。在签订合同时，双方应务必谨慎，确保合同内容合法、条款明确，以降低法律风险。如果您在此方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。