“除本法有规定的外，由公司章程规定”这一表述，在公司治理和《公司法》的语境下，具有非常重要的意义。它体现了公司自治的原则，即在公司法律框架内，公司有权根据自身的实际情况和需求，通过公司章程来制定和调整其内部的治理结构和规则。

首先，我们要明确的是，《公司法》作为规范公司行为的基本法律，它为公司设立、运营、解散等各个环节提供了基本的法律框架和规则。然而，由于公司的类型、规模、业务领域等各不相同，一部统一的法律很难完全适应所有公司的具体情况。因此，《公司法》在设定一些基本规则的同时，也赋予了公司通过公司章程进行自治的权利。

具体来说，“除本法有规定的外，由公司章程规定”意味着，在《公司法》没有明确规定的情况下，公司有权根据自身的需要，在公司章程中规定相关的内容。这些内容可能包括但不限于：股东会的职权、董事会的职权、议事方式和表决程序、公司管理层的权限和责任、股东的权利和义务等。

以您提供的参考信息为例，《公司法》第二十七条和第四十六条分别规定了股东会和董事会的法定职权，但同时也采用了兜底的概括性条款，即“公司章程规定的其他职权”。这意味着，公司章程可以在法定职权的基础上，进一步规定或调整股东会和董事会的职权。同样地，《公司法》第四十三条和第四十八条也规定了股东会和董事会的议事方式和表决程序，但同样允许公司章程作出不同的安排。

此外，公司章程还可以授予创始股东、董事会、董事长或者总经理特殊权利，以达到控制公司的目的。这种特殊权利的授予，也是公司自治的一种体现。

然而，需要注意的是，虽然公司章程具有很大的自治空间，但它也必须在《公司法》的框架内进行。对于《公司法》明确规定必须遵守的条款，如股东会的某些决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过等，公司章程不能作出与之相抵触的规定。

综上所述，“除本法有规定的外，由公司章程规定”是公司自治原则的重要体现，它允许公司在法律框架内根据自身需求灵活设计治理结构和规则。在制定公司章程时，股东应带着明确的目的和需求进行谨慎设计，以确保公司章程既符合法律规定，又能满足公司的实际需求。