支部书记停职6个月后调查无问题，职务安排需结合组织程序和实际情况处理，具体结论及分析如下：

1. 恢复原职务
   若调查结果明确支部书记不存在违纪或失职行为，且原职务未被他人接任或组织未调整编制，最直接的处理方式是恢复其原支部书记职务。根据《中国共产党基层组织选举工作条例》及党内职务任免相关规定，停职调查属临时性措施，调查无问题后应恢复原职，保障其合法权益。
   操作要点：需由上级党组织（如党委、党工委）出具正式的调查结论文件，明确“停职原因不成立”，并召开支部会议或党员大会通报结果，随后下发职务恢复通知。

2. 调整至其他等效岗位
   若原支部因机构改革、合并等原因撤销，或原职务已被他人合法接任（如通过选举产生新书记），可调整至同级或相近的党内职务（如副书记、委员），或安排至其他部门担任等效管理岗位。
   法律依据：根据《中国共产党党组工作条例》第23条，党组织可根据工作需要和干部条件调整干部职务，但需遵循“人岗相适”原则，并履行民主推荐、考察、公示等程序。
   操作要点：调整前需与本人充分沟通，说明调整原因（如组织架构变化），并确保新岗位的职级、待遇不低于原职务。

3. 暂不安排实职，保留职级待遇
   若调查期间原支部已选举产生新书记，且无其他合适岗位，可暂不安排实职，但保留其原职级对应的工资、福利等待遇，待后续有合适岗位时再行安排。
   风险提示：需避免“长期闲置”导致干部权益受损，建议上级党组织在3-6个月内明确后续安排，并书面告知本人。
   操作要点：需签订《干部待岗协议》，明确待岗期间职责、待遇及期限，避免劳动纠纷。

4. 特殊情形：调查期间已退休或离职
   若支部书记在停职期间已达到退休年龄或主动离职，调查无问题不影响其退休待遇或离职手续，但若因停职导致退休手续延误，可申请补发相关待遇（如养老金、职业年金）。
   操作要点：需由原单位出具《停职调查无问题证明》，并协助办理退休或离职后续手续。

建议行动步骤：

• 第一步：向上级党组织提交《关于恢复XX同志职务的请示》，附调查结论文件；
  
• 第二步：若需调整岗位，同步启动民主推荐、考察程序，并公示调整方案；
  
• 第三步：与本人面谈，说明安排依据及后续发展路径，确保沟通充分。
  

如有具体案例细节（如停职原因、组织架构变化等），可进一步补充说明，我将提供更精准的分析。