在没有购房合同，但持有政府补偿协议和购房发票的情况下，您仍然可以采取一些措施来维护自己的权益，但具体处理方式需根据实际情况来定。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、政府补偿协议的法律效力
- 协议性质：政府补偿协议通常是基于政府征收、拆迁等公共利益需要而与您签订的，它具有一定的法律效力。这份协议可以证明您与政府之间就房屋补偿事宜达成了共识。
- 证明购房事实：虽然政府补偿协议不是直接的购房合同，但它可以间接证明您因政府行为而获得了房屋补偿，从而在一定程度上佐证您的购房事实。
二、购房发票的作用
- 支付凭证：购房发票是您支付购房款项的凭证，它证明了您已经为房屋支付了相应的费用。
- 产权证明辅助：在缺乏购房合同的情况下，购房发票可以作为您拥有房屋产权的一种辅助证明。
三、可能面临的法律问题及建议
产权确认：
- 情况一：如果政府补偿协议和购房发票能够充分证明您的购房事实和产权归属，那么您可以直接凭借这些文件去相关部门办理产权确认手续。
- 情况二：如果这些文件不足以证明您的产权，或者存在产权争议，那么您可能需要通过法律途径来确认产权。此时，您可以考虑向法院提起诉讼，要求确认房屋产权归属。
合同补办或替代：
- 尝试补办：如果可能，您可以尝试与开发商或原房主联系，看是否能够补办购房合同。
- 寻找替代证据：如果无法补办合同，您可以寻找其他能够证明购房事实的证据，如付款记录、交房通知、物业费缴纳记录等，与政府补偿协议和购房发票一起作为产权证明的依据。
法律咨询与诉讼：
- 法律咨询：在处理此类问题时，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
- 提起诉讼：如果与开发商或原房主协商无果，或者存在其他纠纷，您可以考虑向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
四、注意事项
- 保留证据：请务必妥善保管政府补偿协议、购房发票以及其他可能证明购房事实的文件和证据。
- 及时行动：如果发现产权存在问题或面临纠纷，请及时采取行动，以免错过维权时机。
- 遵守法律程序：在处理产权问题时，请务必遵守法律程序，不要采取非法手段来维护自己的权益。
最后，我想强调的是，虽然您目前没有购房合同，但并不意味着您无法维护自己的产权权益。通过合理利用政府补偿协议、购房发票以及其他相关证据，您仍然有可能成功确认产权并维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。