核心结论：夫妻一方申请调查令而另一方不知情时，需根据具体情况采取不同措施，主要分为以下两种情况处理。
若申请调查令的目的是为了共同利益（如共同财产调查、子女抚养权相关证据收集等）
- 法律程序要求：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，调查令的申请通常需以当事人名义提出，但实践中若夫妻一方作为代理人或共同诉讼参与人，可能存在单方申请的情况。此时需确保申请材料中明确说明调查目的与夫妻共同利益相关，并尽可能在申请前与另一方沟通（即使未达成完全一致）。
- 补救措施：若另一方事后发现并反对，可向法院提出书面异议，要求审查调查令的合法性与必要性。法院将根据证据关联性、是否侵犯隐私等要素综合判断是否撤销或调整调查范围。
- 风险提示：若调查内容涉及个人隐私（如对方银行流水、通讯记录等），且未提前告知另一方，可能面临证据被排除的风险，甚至需承担侵权责任。
若申请调查令的目的是单方利益（如转移财产、恶意举证等）
- 法律性质：此类行为可能涉嫌侵犯配偶知情权或共同财产处分权，甚至构成虚假诉讼。根据《民法典》第1062条，夫妻对共同财产有平等处理权，单方调查并处置可能被认定为无效。
- 应对方式：被调查方可向法院申请撤销调查令，并主张调查行为违法。若证据已获取，可要求法院不予采信，同时可追究对方擅自处分共同财产的责任。
- 证据固定：建议被调查方及时固定对方单方申请调查的证据（如申请书副本、法院送达记录等），以便后续维权。
实务建议：
- 申请方应优先与配偶协商，确保程序透明；若无法协商，需在申请材料中充分说明调查的紧迫性与合法性。
- 被调查方发现后，应第一时间联系法院提出异议，避免证据被不当使用。
- 涉及复杂财产或隐私时，建议同步委托律师介入，通过法律程序平衡双方权益。
如有具体案件细节（如调查内容、婚姻状况等），可进一步向我说明，我会结合实务经验为您细化分析。