关于运输公司能否对司机罚款的问题，这需要从多个角度进行详细分析。

首先，从法律层面来看，一般情况下，运输公司并不具备直接的行政处罚权。行政处罚权通常归属于行政机关，如交通管理部门等，它们有权对违反交通法规的行为进行罚款等处罚。运输公司作为企业，并非行政主体，因此不能直接对司机进行行政处罚。

然而，如果司机与运输公司之间存在劳动合同关系，并且公司依法制定了规章制度，且这些规章制度已经向员工公示，那么公司可以依据这些规章制度对违规的司机进行合理的处理。这种处理通常不是直接的罚款，而是可能包括扣减绩效奖金、警告、记过等措施。重要的是，这些处理措施必须合理合法，不能违反相关法律法规，也不能侵犯司机的合法权益。

另外，如果司机与运输公司之间是运输合同关系，而非劳动合同关系，那么当司机未按照合同约定履行运输义务时，公司可以依据合同条款追究司机的违约责任，这可能包括要求司机赔偿因违约造成的损失，但并不等同于直接对司机进行罚款。

在实际操作中，如果运输公司试图对司机进行罚款，司机应该首先了解公司的规章制度是否合法合理，以及自己是否确实违反了这些规定。如果认为公司的罚款行为不合理或违法，司机可以通过与公司协商、申请劳动仲裁或提起民事诉讼等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，运输公司一般不能直接对司机进行罚款，除非在特定的劳动合同关系下，且公司规章制度合法合理并已公示。在任何情况下，公司的处理措施都必须遵守相关法律法规，不能侵犯司机的合法权益。