运输公司内部一般不能直接对违规车辆进行罚款，但可以通过内部管理措施进行处理。以下从法律角度和管理实践角度为你详细分析：

法律角度

1. 罚款权属于行政机关
   根据《行政处罚法》的规定，罚款属于行政处罚的一种，只有法律、法规授权的行政机关或组织才有权实施。运输公司作为企业，并非行政机关，不具有行政处罚权，因此不能直接对违规车辆进行罚款。

2. 内部管理措施的合法性
   虽然不能罚款，但运输公司可以通过内部规章制度对违规行为进行管理。例如，可以制定《车辆管理规定》，明确违规行为的处理方式，如警告、扣减绩效、要求赔偿损失等。这些措施需符合《劳动合同法》等相关法律法规，不能侵犯员工的合法权益。

管理实践角度

1. 制定明确的规章制度
   运输公司应制定详细的车辆管理规章制度，明确违规行为的定义、处理流程和责任追究方式。规章制度需经民主程序制定，并向员工公示，确保其合法性和有效性。

2. 违规行为的处理方式

   • 警告或通报批评：对于轻微违规行为，可以给予口头或书面警告，并记录在案。
     
   • 扣减绩效或奖金：根据违规情节的严重程度，扣减相关责任人的绩效或奖金。
     
   • 要求赔偿损失：如果违规行为导致公司财产损失，可以要求责任人进行赔偿。
     
   • 解除劳动合同：对于严重违规行为，如酒驾、肇事逃逸等，可以依据《劳动合同法》解除劳动合同。

3. 处理流程的规范性

   • 调查取证：对违规行为进行调查，收集相关证据，如监控录像、证人证言等。
     
   • 听取陈述申辩：给予责任人陈述和申辩的机会，确保处理程序的公正性。
     
   • 作出处理决定：根据调查结果和规章制度，作出处理决定，并书面通知责任人。
     
   • 归档备案：将处理决定和相关证据归档备案，以备后续查阅。

建议

1. 定期培训：定期对驾驶员进行安全教育和法规培训，提高其安全意识和法律意识。
   
2. 加强监督：通过GPS监控、行车记录仪等手段，加强对车辆行驶过程的监督，及时发现和纠正违规行为。
   
3. 完善制度：根据实际情况，不断完善车辆管理制度，确保其科学性和可操作性。

如果运输公司在处理违规车辆时遇到具体法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律建议。