纪检监察机关发现非法占地问题后，其处置方式需结合问题性质、严重程度及涉及主体等因素综合判断，具体处置流程及措施如下：

1. 初步核实与分类处理
   纪检监察机关发现非法占地线索后，首先会进行初步核实，区分问题性质：

   • 行政违法类：若非法占地行为仅违反土地管理法律法规（如未批先建、超面积占用等），未涉及公职人员违纪或职务犯罪，纪检监察机关通常会将线索移交至自然资源主管部门（原国土资源部门）或地方政府，由其依法作出行政处罚（如责令退还土地、限期拆除、罚款等）。
     
   • 违纪违法类：若非法占地行为涉及公职人员（如党员干部、村干部）利用职权违规审批、默许纵容或直接参与，则可能构成违纪（如违反工作纪律、廉洁纪律）或职务违法（如滥用职权、玩忽职守），纪检监察机关将启动纪律审查或监察调查程序。
     
   • 职务犯罪类：若非法占地行为伴随贪污贿赂、渎职侵权等犯罪行为（如收受财物后违规批地、故意隐瞒违法占地事实），纪检监察机关将依法立案调查，涉嫌犯罪的移送检察机关审查起诉。

2. 纪律审查与监察调查措施
   对涉及公职人员的非法占地问题，纪检监察机关可采取以下措施：

   • 谈话函询：要求被调查人说明情况，核实是否存在违纪违法事实。
     
   • 留置措施：对涉嫌严重职务违法或职务犯罪的被调查人，经依法审批可采取留置措施，限制其人身自由以深入调查。
     
   • 证据收集：通过调取书证（如土地审批文件、合同）、物证（如现场照片）、证人证言（如村民、企业人员）等，固定违法事实。
     
   • 处分建议：根据调查结果，对违纪公职人员提出党纪政务处分建议（如警告、记过、撤职、开除公职等），对涉嫌犯罪的移送司法机关。

3. 与司法机关的衔接

   • 行政执法与刑事司法衔接：若非法占地行为同时违反行政法规和刑法（如非法占用农用地罪），纪检监察机关需与公安机关、检察机关协作，确保行政处罚与刑事处罚无缝衔接。
     
   • “两法衔接”机制：通过信息共享、案件移送、联合督办等方式，防止以行政处罚替代刑事处罚，确保违法者受到应有惩处。

4. 整改与追责并重

   • 督促整改：纪检监察机关会要求责任单位或个人限期整改非法占地问题，如恢复土地原状、补办审批手续等。
     
   • 追责问责：对监管不力、失职渎职的部门或个人，除处分直接责任人外，还可能追究领导责任（如对分管领导进行诫勉谈话、通报批评等）。
     
   • 以案促改：通过典型案例通报、制度完善等方式，推动土地管理领域长效治理，减少类似问题发生。

总结：纪检监察机关对非法占地问题的处置，既包括对行政违法行为的线索移交，也涵盖对公职人员违纪违法行为的纪律审查和监察调查，最终通过行政处罚、党纪政务处分或刑事追责形成闭环，同时推动问题整改和制度完善。若您遇到具体案件或需进一步分析，可直接向我咨询。