结论前置：是否按合同计算工资，需结合合同类型、履行情况及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 若合同明确约定工资标准及支付方式

• 合法有效情形：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护。若合同条款未违反法律强制性规定（如最低工资标准、工时制度等），且双方已实际履行两年，则工资应按合同约定计算。
• 例外情形：若合同存在“显失公平”“欺诈胁迫”等法定无效事由（如工资低于当地最低工资标准），劳动者可依据《劳动合同法》第26条主张合同无效或部分无效，要求补足差额。

2. 若合同未明确约定或约定模糊

• 同工同酬原则：根据《劳动合同法》第11条，未约定劳动报酬的，实行同工同酬。即用人单位应参照本单位相同岗位或相近岗位劳动者的工资标准支付。
• 实际履行推定：若双方长期按某一标准实际支付工资（如每月固定金额），可视为对原合同的变更，形成新的交易习惯（《民法典》第509条）。此时，工资计算可能以实际履行标准为准。

3. 劳务合同与劳动合同的区分

• 劳务合同：若为平等主体间的民事劳务关系（如退休返聘、兼职），适用《民法典》合同编。工资计算严格依合同约定，但约定不得违反公序良俗（如极端低价）。
• 劳动合同：若为劳动关系，则受《劳动法》《劳动合同法》特殊保护。即使合同约定违法（如不缴社保、超长试用期），劳动者仍有权主张法定权益。

4. 时效与证据问题

• 诉讼时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年（《劳动争议调解仲裁法》第27条），但拖欠工资争议可能适用“持续侵权”规则，时效从劳动关系终止之日起算。
• 证据留存：建议保存合同原件、工资条、银行流水、考勤记录等证据，以备维权时证明合同内容及实际履行情况。

行动建议：

1. 核对合同条款是否合法有效；
   
2. 对比合同约定与实际发放金额是否存在差异；
   
3. 若发现违法情形，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步细节（如合同类型、工资差异金额等），可继续向我咨询，我将结合具体情形为您分析。