在决算中因工程质量缺陷扣除施工量的合法性需分情况讨论，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时

• 合法性：若施工合同中明确约定“工程质量缺陷达到特定标准时，发包方有权在决算中扣除相应施工量或价款”，且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》第143条关于民事法律行为效力的规定），则扣除行为合法。
• 操作要点：
  • 需证明缺陷与施工量扣除的直接因果关系（如检测报告、验收记录等）；
  • 扣除范围应严格限定在合同约定的缺陷范围内，不得扩大。

2. 合同无约定但存在法定情形时

• 合法性：根据《民法典》第582条，若工程质量不符合约定且未达到修复标准，发包方有权请求减少报酬（即扣除施工量对应的价款）。但需满足以下条件：
  • 缺陷系承包方责任（如材料不合格、施工工艺违规等）；
  • 发包方已履行通知义务（如要求修复但承包方未履行）；
  • 扣除金额与缺陷造成的损失相当（需通过鉴定或评估确定）。
• 风险提示：若发包方无法证明缺陷与承包方责任的关联性，或扣除金额明显高于实际损失，可能被认定为违约，需承担赔偿责任。

3. 合同无约定且无法定情形时

• 非法性：若工程质量缺陷与承包方无关（如设计缺陷、第三方破坏等），或发包方未履行通知修复义务即直接扣除施工量，则扣除行为可能构成违约。
• 救济途径：承包方可要求发包方支付被扣除的工程款，并可主张逾期付款利息或违约金（如合同有约定）。

4. 实务建议

• 对发包方：
  1. 在合同中明确质量缺陷的认定标准、扣除范围及程序；
  2. 发现缺陷后及时书面通知承包方修复，并留存通知证据；
  3. 扣除前委托第三方机构评估损失金额，确保扣除合理。
• 对承包方：
  1. 施工前审查合同条款，避免接受不合理的质量责任条款；
  2. 施工过程中严格按规范施工，保留质量合格证据（如材料检测报告、隐蔽工程验收记录等）；
  3. 收到扣除通知后，若认为不合理，应在法定期限内提出异议或诉讼。

总结：决算中扣除施工量的合法性取决于合同约定及法定情形。建议双方在合同中明确质量责任条款，并在发生争议时及时通过法律途径解决。如有具体案件或合同条款需要分析，可直接向我咨询。