劳动合同中规定争议先经劳动监察调解再仲裁，但在特定情况下，劳动者可以直接申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的程序要求

在劳动合同中，若双方约定争议先经劳动监察调解再仲裁，这通常体现了双方希望通过非诉讼方式解决争议的意愿。根据一般的劳动争议处理程序，调解并非必经程序，但仲裁往往是诉讼的前置程序。也就是说，在大多数情况下，如果调解不成，劳动者需要向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，才能向人民法院提起诉讼。

二、可以直接申请仲裁的特殊情形

尽管有上述一般程序要求，但在某些特殊情况下，劳动者可以直接申请仲裁，而无需先经过劳动监察调解：

1. 仲裁委不予受理或逾期未决：如果劳动争议仲裁委员会不予受理劳动者的仲裁申请，或者逾期未作出决定，劳动者可以就该劳动争议事项直接向人民法院提起诉讼。在提起诉讼前，实际上也相当于绕过了原本约定的调解和仲裁前置程序，直接进入了司法程序。不过，从严格意义上讲，此时劳动者是选择了诉讼而非仲裁，但在实践中，由于仲裁是诉讼的前置程序，因此这种情况也间接体现了劳动者在特定条件下对仲裁程序的“跳过”。更准确地说，在此情形下，劳动者有权直接寻求司法救济，而无需受原合同中调解前置条款的约束。

2. 涉及特定事项且已达成调解协议但用人单位不履行：如果因支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金事项达成调解协议，用人单位在协议约定期限内不履行的，劳动者可以持调解协议书依法向人民法院申请支付令。虽然这并非直接申请仲裁，但在此情况下，劳动者也无需再经过仲裁程序，而是可以直接进入司法执行程序。不过，从广义上讲，这也体现了在特定条件下，劳动者可以绕过原本约定的调解和可能的仲裁程序，直接寻求司法强制力保障其权益。若从“可以直接采取法律行动”的角度理解，这也算是一种对原定程序的“跳过”。而若劳动者希望通过仲裁途径解决且符合其他直接仲裁条件（如后续所述），则在此类协议不履行时，虽首选支付令，但理论上也可视情况重新启动仲裁申请（尽管实践中可能更倾向于直接诉讼或执行支付令）。

3. 符合直接仲裁的法定情形：虽然劳动合同中约定了调解前置，但如果劳动争议本身符合法律规定的可以直接申请仲裁的情形（如某些地区或特定类型的劳动争议案件可能允许直接仲裁），那么劳动者仍然可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。不过，这种情况并不常见，且通常需要具体的法律规定或地方性法规的支持。在大多数情况下，如果劳动合同中有明确约定，且没有法律规定的例外情形，劳动者还是需要先经过调解程序。但值得注意的是，若劳动合同中的调解前置条款与法律强制性规定相冲突（如法律明确规定某些争议必须直接仲裁），则该条款可能无效。

三、建议与注意事项

1. 仔细审查劳动合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查其中的争议解决条款，了解自己在发生争议时的权利和义务。

2. 保留相关证据：无论选择哪种争议解决方式，劳动者都应保留好与争议相关的证据，如工资单、劳动合同、调解协议等。

3. 及时寻求法律帮助：如果劳动者对争议解决程序或自己的权利义务有疑问，应及时咨询专业律师，以避免因程序不当或证据不足而损害自己的权益。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。