当债权人申请债务人破产，而债务人不配合时，破产程序仍然可以依法推进，债权人的合法权益也能得到法律的有效保护。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院层面的应对措施
强制提交材料与罚款：
- 根据《企业破产法》的相关规定，债务人在法院受理破产申请后，有义务在十五日内提交财产状况说明、债务清册等相关资料。若债务人拒不提交，法院有权对直接责任人员处以罚款，以强制其履行义务。
限制债务人相关人员行为：
- 自法院受理破产申请之日起至破产程序终结，债务人的法定代表人及相关管理人员需妥善保管财产及资料，不得擅自处置。若违反此规定，将面临训诫、拘留及罚款等处罚。
依职权调查：
- 法院有权主动向银行、税务、工商等部门调取债务人的财务信息、纳税记录及工商登记资料，以全面查明其财产和经营状况。这一措施确保了法院在债务人不配合的情况下，仍能获取关键信息，推进破产程序。
追究刑事责任：
- 若债务人不配合破产程序的行为构成犯罪，如隐匿或销毁会计资料，法院将依法追究其刑事责任。这包括有期徒刑、拘役及罚金等刑罚，以维护法律的严肃性和债权人的合法权益。
破产程序的推进与审查：
- 即使债务人不配合，法院仍会依法对破产申请进行受理和审查。通过调查和评估债务人的财产状况和经营情况，法院在满足条件时将宣告债务人破产，并启动清算或重整程序。
二、债权人可采取的行动
加强证据收集：
- 债权人应积极收集债务人的财产线索和相关证据，如合同、发票、送货单等，以证明债权债务关系及可能的财产所在。若发现债务人有转移财产的行为，需及时收集转账记录等证据，为后续的破产程序提供有力支持。
联合其他债权人：
- 多个债权人可以联合起来，共享信息，共同参与破产事务。通过推选债权人代表、参与债权人会议等方式，增强话语权和影响力，共同维护债权人的合法权益。
监督破产管理人工作：
- 债权人应督促破产管理人对债务人进行全面调查，清理和核实债权债务。同时，债权人有权询问工作进展并提出意见和建议。若发现破产管理人存在失职或不当行为，可通过债权人会议等途径要求改正或更换破产管理人。
积极配合法院工作：
- 债权人应积极响应法院的通知和要求，提供必要的证据和信息。这有助于法院更好地处理破产案件，从而更有效地维护债权人的合法权益。
三、特殊情况的处理
债务人以具有清偿能力为由反对：
- 若债务人以其具有清偿能力或资产超过负债为由反对破产申请，法院会审查证据，判断债务人是否存在明显缺乏清偿能力等破产原因。例如，债务人虽账面资产大于负债，但资金严重不足、财产无法变现等导致无法清偿债务，法院仍会认定具备破产原因。
债务人以债权人的债权存在争议为由反对：
- 若债务人以债权人的债权存在争议等为由反对破产申请，法院通常会在确认债权无争议后再审查破产申请。若债权确实存在争议且尚未解决，法院可能会驳回破产申请。此时，债权人可先通过诉讼等方式确认债权，再重新申请破产。
综上所述，当债权人申请债务人破产而债务人不配合时，法院将依法采取多项措施推进破产程序，债权人亦可通过积极行动维护自身权益。只要遵循法定程序，债权人的合法权益终将得到法律的有效保护。