当债权人申请破产而债务人不配合时，可以按照以下步骤处理，核心结论如下：

1. 债权人可依法向法院申请强制破产清算
   根据《企业破产法》第7条，债务人不能清偿到期债务且明显缺乏清偿能力的，债权人可直接向债务人住所地法院提出破产清算申请。债务人是否配合不影响程序启动，法院受理后将依法通知债务人，并指定管理人接管企业财产、账簿等核心资料。若债务人拒不提交，法院可依据《企业破产法》第127条对其直接责任人员处以罚款（2万-20万），甚至追究拒不执行判决、裁定罪的刑事责任。

2. 通过法院调查权突破债务人阻碍
   若债务人隐匿、转移财产或拒不配合管理人工作，债权人可申请法院行使调查权：

• 要求债务人法定代表人、财务负责人到庭接受询问（《企业破产法》第15条）；
  
• 查封、扣押、冻结债务人名下财产（《企业破产法》第19条）；
  
• 撤销债务人恶意处分财产的行为（《企业破产法》第31-34条，如无偿转让、以明显不合理价格交易等）。
  案例参考：某公司法定代表人在破产程序中拒不交出公章，法院直接公告作废原公章并刻制新章交管理人使用，保障了清算程序推进。

1. 对债务人相关人员追责
   若债务人存在以下行为，债权人可同步主张民事赔偿或刑事追责：
   

• 民事责任：根据《公司法》第20条，股东滥用权利逃避债务的，需对公司债务承担连带责任；
  
• 刑事责任：若债务人通过隐匿财产、虚构债务等方式逃避破产清算，可能构成《刑法》第162条的妨害清算罪（最高可处7年有期徒刑）。
  操作建议：债权人应同步收集债务人财产转移证据（如银行流水、合同等），在申请破产时一并提交法院。

实务提醒：破产程序启动后，债务人企业将进入“冻结状态”，所有民事诉讼、执行程序中止，财产由管理人统一处置。债权人需积极配合管理人申报债权（逾期未申报视为放弃），并参与债权人会议监督程序进展。若您手头有债务人财产线索或相关证据，可直接向我提供，我将协助制定完整的破产申请及追责方案。