供应商有违规行为不一定会被扣保证金，这取决于违规行为的性质、严重程度以及平台或合同的具体规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 保证金扣除的法律依据

1. 《政府采购法》及相关条例：

   • 根据《政府采购法》及其实施条例，采购人可以要求供应商提交保证金，并在供应商违反规定时决定是否没收保证金。但具体是否没收以及没收的条件，需在采购文件中明确规定。

2. 平台规则：

   • 以抖音电商为例，其供应商违规行为管理总则中规定了多种处理措施，包括公示警告、扣除违约金、限制供应商权限、货品管理、扣除违规所得货款、清退供应商等。保证金扣除只是其中之一，并非必然措施。

二. 保证金扣除的具体情形

1. 明确规定的违规行为：

   • 如提供虚假材料骗取供应商资格、商品存在严重质量问题、恶意串通等，这些行为在《政府采购法》及其实施条例中有明确规定，且情节严重，通常会导致保证金被没收。

2. 平台自主规定的违规情形：

   • 平台可能根据自身的运营需求和管理规定，对供应商的某些违规行为采取扣除保证金的措施。但这些规定通常会在平台的规则中心或相关协议中明确告知供应商。

三. 保证金扣除的例外情况

1. 轻微违规或首次违规：

   • 对于一些轻微违规或首次违规的行为，平台可能会采取警告、限制权限等非经济处罚措施，而不一定会直接扣除保证金。

2. 特殊情况下的豁免：

   • 在某些特殊情况下，如供应商能够迅速纠正违规行为、采取补救措施并取得良好效果，或者违规行为是由于不可抗力等因素导致的，平台可能会酌情考虑不扣除保证金。

四. 结论与建议

1. 结论：

   • 供应商有违规行为时，是否会被扣保证金取决于违规行为的性质、严重程度以及平台或合同的具体规定。并非所有违规行为都会导致保证金被扣除。

2. 建议：

   • 供应商应严格遵守平台规则和合同约定，避免违规行为的发生。
   • 一旦发生违规行为，供应商应积极配合平台调查处理，并尽快采取补救措施以减轻处罚。
   • 如有必要，供应商可以寻求法律专业人士的帮助以维护自身权益。

• 例如，如果供应商在抖音电商平台上因轻微违规收到警告通知，应及时整改并加强与平台的沟通以避免进一步处罚。如果违规行为较为严重或涉及法律争议，则应咨询专业律师以获取法律建议和支持。