与企业签订自主创业协议是合法的，但具体合法性需根据协议内容、签订程序及双方主体资格等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议内容合法性

1. 条款合规性：自主创业协议的内容必须符合法律法规的规定，不得包含违法、违规或侵犯他人权益的条款。例如，协议中不得约定排除劳动者法定权利、免除用人单位法定责任的内容。

2. 权利义务明确：协议应明确双方的权利和义务，包括创业项目的范围、资金投入、利润分配、风险承担等关键条款。这些条款应具体、明确，避免模糊不清或产生歧义。

二、签订程序合法性

1. 双方自愿：签订自主创业协议必须基于双方自愿的原则，任何一方不得强迫或胁迫对方签订协议。

2. 合法形式：协议应以书面形式签订，并由双方签字或盖章确认。口头协议在发生纠纷时往往难以证明，因此不建议采用。

3. 不违反强制性规定：签订程序不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，某些行业或领域可能要求特定的资质或许可，未取得相关资质或许可而签订的协议可能无效。

三、双方主体资格合法性

1. 企业资质：与企业签订自主创业协议时，应确认企业具备合法的经营资质和主体资格。例如，企业应依法注册登记，取得营业执照等必要证件。

2. 个人资格：作为创业者，您也应具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。未成年人或限制民事行为能力人签订的协议可能因主体资格问题而无效。

四、法律后果与风险提示

1. 协议效力：如果自主创业协议符合上述合法性要求，则该协议具有法律效力，对双方均具有约束力。任何一方违反协议约定，都可能承担相应的法律责任。

2. 纠纷解决：在履行协议过程中，如果发生纠纷，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以依据协议中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。

3. 风险提示：在签订自主创业协议前，建议您充分了解相关法律法规和政策规定，谨慎评估创业项目的风险和收益。必要时，可以聘请专业律师对协议进行审查，以确保您的合法权益得到保障。

总结与建议：

与企业签订自主创业协议本身是合法的，但具体合法性需根据协议内容、签订程序及双方主体资格等因素综合判断。在签订协议前，建议您务必仔细审查协议条款，确保协议内容合法、合规且明确双方的权利和义务。同时，也要关注签订程序和双方主体资格的合法性，以避免因程序瑕疵或主体资格问题而导致协议无效。如果您在签订或履行自主创业协议过程中遇到任何法律问题，欢迎随时向我咨询。