如果网约车行驶证不放在车上被查到，公安机关交通管理部门会扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证，并可以处警告或者二十元以上二百元以下罚款。具体分析如下：
一. 网约车行驶证未随车携带的处罚
- 扣留机动车：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条，上道路行驶的机动车未随车携带行驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车。
- 提供牌证或补办手续：当事人需要提供相应的行驶证或者补办相应手续，之后公安机关交通管理部门应当及时退还机动车。
- 处罚措施：根据同一法条，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚，即处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
二. 实际案例理解
- 例如，某网约车司机在运营过程中，因忘记携带行驶证而被交警查到。在这种情况下，交警会扣留该网约车，并通知司机提供行驶证。如果司机能及时提供，则车辆会被退还，但司机仍需接受警告或罚款的处罚。
综上所述，网约车行驶证不放在车上被查到，不仅会导致车辆被扣留，还可能面临警告或罚款的处罚。因此，我建议网约车司机在出车前务必检查是否携带了所有必要的证件，以避免不必要的麻烦。如有进一步需要，您可以继续咨询我。