当网约车因没有相关证件被运管部门查获时，司机确实会面临一系列的法律处罚和后续处理流程。以下是对此问题的详细解答：
一、明确违法行为与首要应对
首先，必须明确的是，未取得相关证件（如《网络预约出租汽车驾驶员证》和《网络预约出租汽车运输证》）而从事网约车运营，是明确的违法行为。一旦被运管部门查获，司机应保持冷静，积极配合执法工作，如实说明情况，避免任何抗拒或逃避行为，以免加重法律后果。
二、了解具体处罚依据与结果
根据《网络预约出租汽车经营服务管理暂行办法》的相关规定，对于此类违法行为，县级以上出租汽车行政主管部门将采取以下措施：
责令改正：要求司机立即停止非法营运行为，并尽快办理相关证件，以符合合法运营的要求。
警告或罚款：根据违规的严重程度和地区的具体执行标准，司机可能会被处以警告或者一定数额的罚款。罚款金额一般在1万元到3万元之间，具体数额会由当地政策、违法情节的轻重等因素综合确定。例如，情节较轻的可能只处以1万元罚款，而多次违法或造成不良影响的则可能接近或达到3万元的罚款上限。
车辆暂扣：在严重违规的情况下，执法部门还有权对涉事车辆进行暂扣处理，作为对违规行为的进一步制裁。
三、缴纳罚款与补办证件
缴纳罚款：若对处罚结果无异议，司机应按处罚决定书上规定的时间和方式及时缴纳罚款，以避免逾期产生额外费用。
补办证件：为了实现合规运营，司机应尽快咨询当地交通主管部门或相关机构，了解具体的办证流程和所需材料，并按照要求进行申请。这包括办理《网络预约出租汽车驾驶员证》和《网络预约出租汽车运输证》等必要证件。
四、法律救济途径
若司机认为运管部门的处罚决定存在错误或不公，他有权在知道处罚决定之日起60日内向作出决定的运管部门的本级人民政府或上一级主管部门申请行政复议，或者在知道或应当知道作出行政行为之日起6个月内直接向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。在复议或诉讼期间，司机应提供充分证据来支持自己的主张。
五、预防与合规建议
为了避免类似情况再次发生，司机应加强学习网约车相关的法律法规，确保自己的运营行为合法合规。同时，加入正规网约车平台或公司也是一个明智的选择，因为这些平台通常会为司机提供培训和指导，帮助他们更好地了解和遵守法规。
综上所述，面对网约车无证运营被查的情况，司机应积极配合执法、了解处罚依据、及时缴纳罚款并补办证件、必要时寻求法律救济途径，并加强法规学习与合规运营意识。这样才能确保自己的合法权益得到保护，同时也为乘客提供更加安全、可靠的网约车服务。