市场监管超市进货台账记录不全，在责令改正后仍记录不全的，可以对其进行处罚。具体分析如下：

一. 法律依据

• 根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十六条，违反本法规定，食品生产经营企业未按规定建立并遵守进货查验记录制度的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处五千元以上五万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证。

二. 情况分析

1. 首次发现记录不全：市场监管超市若首次被发现进货台账记录不全，食品安全监督管理部门会首先责令其改正，并给予警告。
2. 责改后仍记录不全：若超市在接到责令改正通知后，仍未按要求完善进货台账记录，则属于“拒不改正”的情形。
3. 处罚措施：对于拒不改正的超市，食品安全监督管理部门可以依法对其处以五千元以上五万元以下的罚款。若情节严重，还可以责令其停产停业，甚至吊销其许可证。

三. 结论 因此，市场监管超市若进货台账记录不全，在接到责令改正通知后仍未改正的，食品安全监督管理部门可以依法对其进行处罚。我建议超市应严格遵守食品安全法的相关规定，确保进货台账记录的完整性和准确性，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。