司机帮货主非法运输烟草，这一行为是违法的，可能会面临车辆被扣押或没收、罚款、没收违法所得以及刑事处罚等法律后果。具体来说，我们可以从以下几个角度进行详细分析：
一、法律责任
违法性质：
- 非法运输烟草，尤其是假烟或走私烟，涉及非法经营、销售假冒注册商标商品等犯罪活动，属于严重的违法行为。
责任承担：
- 司机作为运输者，如果明知是非法烟草仍进行运输，将可能面临刑事责任或行政处罚。具体责任取决于烟草的数量、价值以及司机在犯罪活动中的作用。
- 如果司机确实不知情，但在运输过程中被查获，也可能因涉嫌违法而受到调查，但责任可能相对较轻。
法律依据：
- 《中华人民共和国烟草专卖法》及相关司法解释对此类行为有明确规定。根据这些法规，非法运输烟草的参与者可能面临罚款、没收违法所得、刑事处罚等法律后果。
二、车辆处理
车辆性质及运输人主观状态：
- 不知情运输：若司机确实不知晓所运输的是非法烟草，车辆通常不会被没收，但在调查期间可能会被暂时扣押以收集证据。
- 知情运输：若司机明知是非法烟草仍进行运输，车辆很可能会被认定为作案工具并被依法没收。
车辆所有权情况：
- 自有车辆：若车辆为司机本人所有，且其明知运输的是非法烟草，根据相关法律法规，该车辆可能会被作为作案工具予以没收。
- 租赁车辆：
- 租车人知情：租车人明知运输的是非法烟草而使用租赁车辆，执法部门有权扣押车辆。若车辆所有权人无过错，车辆一般会返还，但租车人需承担法律责任。
- 租车人不知情：若租车人不知运输的是非法烟草，车辆通常会被归还，但租车人仍需配合调查。
- 单位车辆：
- 单位知情：若单位明知员工使用单位车辆运输非法烟草仍予默许或指使，车辆可能被没收，同时单位和相关责任人要承担法律责任。
- 单位不知情：员工私自使用单位车辆运输非法烟草，单位能证明无过错的，车辆会归还，但员工需承担相应法律后果。
三、后续步骤与建议
积极配合调查：
- 如果司机涉嫌非法运输烟草，应积极配合执法机关的调查，如实陈述事实，以争取从轻或减轻处罚。
寻求法律帮助：
- 如果车辆被扣押或面临其他法律问题，司机应及时向我咨询，了解法律程序和自身权益，以便采取合适的法律措施。
遵守法律法规：
- 司机应严格遵守法律法规，不参与任何违法活动，尤其是涉及非法烟草的运输，以免触犯法律并遭受相应的惩罚。
总结来说，司机帮货主非法运输烟草是严重的违法行为，不仅可能导致车辆被扣押或没收，还可能面临罚款、没收违法所得以及刑事处罚等法律后果。因此，我强烈建议司机切勿参与此类活动，而应遵守法律法规，维护社会秩序和公共利益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。