有限责任公司自然人独资意味着该自然人股东百分百控股。以下是对此结论的详细分析：

一. 定义与特征

1. 一人有限责任公司：根据《中华人民共和国公司法》第五十七条，一人有限责任公司是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。这种公司形式下，股东数量唯一，即为“一人”。
2. 自然人独资：在同一法律条文中，并未对“自然人独资”进行直接定义，但结合常识和语境，自然人独资即指该有限责任公司由一位自然人全额投资并持有全部股份。

二. 控股情况

1. 百分百控股：由于一人有限责任公司只有一个股东，无论是自然人还是法人，该股东都必然持有公司的全部股份，即百分百控股。这一点在《中华人民共和国公司法》的相关条文中虽未直接言明，但由“一人”的表述可间接推断出。
2. 法律责任：根据《中华人民共和国公司法》第三条，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。在自然人独资的情况下，这位自然人股东需以其全部出资额对公司债务承担有限责任，同时享有公司全部股权。

综上所述，有限责任公司自然人独资确实意味着该自然人股东百分百控股公司。如有进一步需要，您可以继续咨询我。