由公司100%控股的公司并不属于自然人独资企业，而是属于法人独资企业。以下是对这一问题的详细分析：

一、定义与特征

1. 自然人独资企业：

   • 定义：自然人独资企业，也称为个人独资企业，是由一个自然人投资设立，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
   • 特征：投资者为自然人，且对企业债务承担无限责任。

2. 法人独资企业：

   • 定义：法人独资企业是指由一个具有法人资格的企业或组织单独投资设立的企业。在这种情况下，投资主体是法人，而非自然人。
   • 特征：投资者为法人，且通常以其出资额为限对企业债务承担有限责任（具体责任形式可能因公司类型和法律规定而异）。

二、由公司100%控股的公司的性质

• 当一个公司被另一个公司100%控股时，这意味着控股公司完全拥有被控股公司的股权，被控股公司成为控股公司的全资子公司。
• 在这种情况下，被控股公司的投资者是控股公司，即一个法人实体，而非自然人。
• 因此，由公司100%控股的公司属于法人独资企业，而非自然人独资企业。

三、法律后果与责任

• 法人独资企业：作为法人独资企业，其法律责任和义务通常由控股公司（即法人投资者）承担，但具体责任形式可能因公司类型、法律规定以及合同条款等因素而有所不同。
• 自然人独资企业：若企业为自然人独资，则自然人投资者需对企业债务承担无限责任，这意味着其个人财产可能因企业债务而受到牵连。

四、实际应用与注意事项

• 在实际经营中，区分法人独资企业和自然人独资企业对于明确投资主体、责任承担以及税务处理等方面具有重要意义。
• 对于由公司100%控股的公司而言，其应作为法人独资企业进行管理和运营，并遵守相关法律法规和公司章程的规定。
• 若您在经营管理或上市过程中遇到相关法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。

综上所述，由公司100%控股的公司属于法人独资企业，而非自然人独资企业。这一区分对于明确投资主体、责任承担以及税务处理等方面具有重要意义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时与我联系。