个体工商户持股100%时，其身份既属于自然人，也属于控制人，但二者是从不同法律维度进行的界定。具体分析如下：

1. 自然人身份
   个体工商户本身并非独立法人，而是自然人以个人或家庭形式从事工商业经营的法律形态。根据《民法典》第五十四条，个体工商户的债务以个人或家庭财产承担，这直接体现了其与自然人的法律关联性。因此，持股100%的个体工商户本质上是自然人通过特定经营形式开展商业活动，其民事权利义务仍归属于该自然人。

2. 控制人身份
   在股权结构层面，若个体工商户作为股东持有某公司100%股权，则其依据《公司法》第二百一十六条关于”控股股东”的定义（出资额占有限责任公司资本总额50%以上，或虽不足50%但依其出资额享有的表决权足以对股东会决议产生重大影响），该个体工商户自然成为该公司的唯一控制人。这种控制权体现在对经营决策、财务安排、人事任免等核心事项的绝对支配地位。

实务延伸建议：

• 若涉及公司治理，需注意区分个体工商户作为自然人的民事行为能力（如签订合同）与其作为控制人的决策权限（如修改公司章程）
  
• 在税务筹划时，要同时考虑个体工商户的个人所得税（经营所得）与被控股公司的企业所得税的差异化处理
  
• 发生法律纠纷时，需明确诉讼主体资格：针对个体工商户本身的争议，应以经营者为被告；针对公司事务的争议，则以公司为被告，但控制人可能需承担《公司法》第二十条规定的法人人格否认责任
  

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