有限责任公司自然人独资的控股股东是自然人。以下是具体的分析：
一. 定义与性质
- 自然人：根据《中华人民共和国民法典》第十三条，自然人从出生时起到死亡时止，具有民事权利能力，依法享有民事权利，承担民事义务。自然人可以作为股东，享有股东权利，承担股东义务。
- 法人：根据《中华人民共和国民法典》第五十九条，法人是具有民事权利能力和民事行为能力的组织，其民事权利能力和民事行为能力从法人成立时产生，到法人终止时消灭。法人也可以作为股东，但其背后通常代表着一个组织或实体的利益。
二. 有限责任公司自然人独资的特点
- 有限责任公司自然人独资是指该公司的出资全部由单一的自然人承担，该自然人即为公司的控股股东。
- 在这种情况下，控股股东是以其个人的名义进行出资和持有公司股份，因此其身份为自然人。
三. 结论
- 结合上述分析，可以明确在有限责任公司自然人独资中，控股股东是自然人而非法人。这是因为控股股东是以其个人的身份进行出资和持股，而非代表某个组织或实体的利益。
综上所述，有限责任公司自然人独资的控股股东是自然人。如有进一步需要，您可以继续咨询我。