企业通过微信发工资本身并不直接构成违法，但存在诸多潜在的法律风险和管理问题，因此从合规性、安全性和员工权益保护的角度出发，并不推荐这种做法。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性分析
根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按时足额支付给劳动者，且应支付给劳动者本人，并提供工资清单。微信支付作为一种电子支付方式，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，通过微信发工资并不违反以法定货币支付工资的要求。只要用人单位与员工协商一致，且确保足额、及时支付，这种支付方式在法律上是被允许的。
二、潜在法律风险与管理问题
证据效力不足：
- 微信转账记录虽然可以作为支付工资的凭证，但其法律效力相对较弱。尤其在劳动争议中，可能难以证明该笔转账是工资及其具体构成、支付周期等关键信息。
- 建议：用人单位应保存完整的微信转账记录，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息，同时考虑与银行转账记录相结合，以增强证据的法律效力。
税务合规风险：
- 微信支付可能未完全纳入税务系统监管，存在隐瞒真实工资收入、少缴税款的嫌疑。
- 用人单位需确保按照税法规定代扣代缴个人所得税，并及时向税务机关报送相关纳税资料。
- 建议：用人单位应建立完善的税务管理制度，确保所有工资支付都符合税务合规要求，避免因税务问题引发的法律风险。
社保缴纳问题：
- 社保缴费基数通常根据员工工资收入确定。微信支付可能导致工资收入数据不透明，从而降低社保缴费基数，损害员工社保权益。
- 建议：用人单位应确保所有工资收入都透明化，并依法为员工缴纳社保费用，保障员工的社保权益。
资金安全问题：
- 微信支付存在一定的资金安全风险，如账户被盗用、密码泄露等可能导致资金损失。
- 建议：用人单位应加强微信账户的安全管理，定期更换密码，绑定安全手机等，确保资金安全。
管理效率问题：
- 使用微信支付工资可能增加用人单位的管理成本和工作量，如手动记录转账信息、核对账目等。
- 建议：用人单位应考虑使用更高效的支付方式，如银行转账，以实现批量处理和自动化管理。
三、综合建议
- 优先选用正规渠道：从合规性、安全性和员工权益保护的角度出发，更推荐用人单位通过银行转账等正规渠道发放工资。这样既能确保资金及时、安全到账，也有利于员工管理自己的工资记录，还能满足税务和监管部门的要求。
- 遵守相关法律法规：用人单位应严格遵守相关法律法规，为员工提供合法的劳动保障和福利待遇，不得借由微信发放工资来规避为员工缴纳社保等责任。
总结来说，虽然企业通过微信发工资在法律上并未明确禁止，但考虑到潜在的法律风险和管理问题，建议企业优先采用银行转账等正式渠道发放工资。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。