结论：转包的农用地能否申请水库改造需分情况讨论，主要取决于土地性质、转包合同约定及审批程序合法性。以下从法律角度展开分析：

1. 土地性质是否符合水库改造要求

根据《土地管理法》和《水利法》，水库改造属于水利设施建设，需占用农用地中的坑塘水面、未利用地或通过农用地转用审批将耕地转为建设用地。

• 若转包土地为基本农田：根据《基本农田保护条例》，禁止占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼或进行其他非农建设，水库改造申请大概率会被驳回。
  
• 若为一般耕地或未利用地：需依法办理农用地转用审批手续，经省级政府或国务院批准后方可实施。

2. 转包合同是否允许土地用途变更

转包行为受《农村土地承包法》约束，需明确合同中是否约定土地用途：

• 合同明确禁止改变用途：承包方或转包方擅自申请水库改造可能构成违约，需承担违约责任。
  
• 合同未约定或允许合理利用：需经原承包方同意，并报发包方（村集体）备案，否则可能因程序违法被叫停。

3. 审批程序是否合法

水库改造需通过以下流程：

• 项目立项：编制可行性研究报告，报水利部门审批；
  
• 用地预审：向自然资源部门申请用地预审，确认土地利用总体规划符合性；
  
• 环境影响评价：根据《环境影响评价法》，需编制环评报告并公示；
  
• 施工许可：取得水利部门颁发的施工许可证后方可动工。
  若未履行上述程序，即使土地性质允许，改造行为也属违法。

4. 转包方与承包方的权利义务

• 转包方权利：在合同约定范围内使用土地，但不得损害土地资源或违反法律强制性规定。
  
• 承包方义务：监督转包方合法使用土地，若发现违法改造行为，可要求停止侵害并赔偿损失。
  
• 法律后果：违法改造可能导致土地复垦义务、行政处罚（如罚款、拆除）甚至刑事责任（如非法占用农用地罪）。

行动建议

1. 核查土地性质：向当地自然资源部门查询土地规划用途；
   
2. 审查转包合同：确认是否允许水利设施建设；
   
3. 启动合法程序：委托专业机构编制报告，依法申请审批；
   
4. 协商一致：与原承包方、村集体沟通，避免纠纷。
   

如有进一步疑问（如具体审批流程、合同条款设计），可直接向我咨询。