施工单位罚款是否影响竣工决算金额，需分情况讨论，结论如下：

1. 若罚款性质为“违约金”或“赔偿款”，且合同明确约定从工程款中扣除
   根据《民法典》第585条（违约金条款）及第577条（赔偿损失条款），若施工单位因违约（如工期延误、质量不达标）被罚款，且合同中明确约定“罚款从工程款中抵扣”，则竣工决算金额会相应减少。例如：合同总价1000万元，因工期延误被罚50万元，且合同约定“罚款直接从决算款扣除”，则最终决算金额为950万元。

2. 若罚款性质为“行政处罚”（如住建部门罚款），与工程款无直接关联
   根据《行政处罚法》第7条，行政处罚（如未办理施工许可证被罚款）是针对违法行为的处罚，与建设单位、施工单位的合同关系无关，不会直接影响竣工决算金额。例如：施工单位因未办理施工许可证被住建部门罚款20万元，该罚款由施工单位自行承担，与建设单位支付的工程款无关，决算金额仍按合同约定结算。

3. 若罚款未在合同中约定，但建设单位单方扣款
   根据《民法典》第465条（合同相对性原则），若合同未约定“罚款可抵扣工程款”，建设单位单方扣款可能构成违约。施工单位可主张：

   • 扣款行为无效，要求按合同原价结算；
     
   • 若扣款已实际发生，可通过诉讼要求返还被扣款项。
     关键点：需审查合同条款，若无明确约定，建设单位无权单方减少决算金额。
     

总结建议：

• 审查施工合同中“罚款条款”的约定，明确罚款性质（违约金/赔偿款/行政处罚）及是否与工程款挂钩；
  
• 若遇争议，可要求建设单位提供扣款依据（如合同条款、行政处罚决定书），必要时通过法律途径解决。
  

如有具体合同条款或罚款文件，可进一步分析，我会为您详细解答。