针对您提出的“施工合同中明确了工程延期违约罚款以及赔偿单独条款，那么在工程决算中如何计算”的问题，以下是我的详细解答：

在工程决算中，对于工程延期违约罚款及赔偿的计算，应严格遵循施工合同中的相关条款。具体来说，计算过程通常包括以下几个步骤：

1. 确认延期天数：

   • 首先，需要明确工程实际竣工日期与合同约定的竣工日期之间的差异，即延期天数。这是计算违约罚款及赔偿的基础。

2. 查阅合同条款：

   • 仔细查阅施工合同中关于工程延期违约罚款及赔偿的单独条款，了解具体的计算方式、每日违约金金额或比例、以及可能的赔偿范围。

3. 计算违约罚款：

   • 根据合同条款，以约定的每日违约金金额或比例乘以延期天数，计算出应支付的违约罚款金额。例如，若合同约定每日违约金为合同总价的0.1%，且工程延期了10天，那么违约罚款就是合同总价×0.1%×10。

4. 考虑赔偿范围：

   • 除了违约罚款外，合同可能还规定了因工程延期给对方造成的实际损失的赔偿范围。这包括但不限于额外的人工费用、设备租赁费用、管理费用等。在计算赔偿金额时，应提供充分的证据证明损失的存在及具体金额。

5. 遵循公平合理原则：

   • 在计算违约罚款及赔偿时，应遵循公平合理的原则。违约金的数额不得过高或过低，过高可能被法院调整，过低则可能无法弥补对方损失。

6. 分段计算（如适用）：

   • 若合同中约定了分段计算违约金的情况，则应分别计算各阶段的违约金并相加。

7. 在工程决算中体现：

   • 最后，将计算出的违约罚款及赔偿金额在工程决算中明确体现，作为工程总造价的一部分进行结算。

综上所述，工程决算中工程延期违约罚款及赔偿的计算应严格遵循施工合同中的相关条款，并考虑延期天数、合同条款、赔偿范围、公平合理原则以及分段计算（如适用）等因素。希望这些解答能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何具体问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师或相关机构。