法院会根据转账记录、借款合同及其他证据综合判断实际借款金额，若仅有100万转账记录且无其他证据证明300万借款实际发生，法院可能仅认定100万为借款本金。具体分析如下：

1. 证据规则：转账记录的证明力优先

根据《民事诉讼法》及司法解释，转账记录属于直接证据，能直接证明资金流向和金额。若借款人主张300万借款，但仅能提供100万转账记录，且无法提供其他证据（如现金交付凭证、债权人自认等），法院可能以“证据不足”为由，仅认定100万为实际借款金额。

例外情形：若借款人能提供以下证据之一，法院可能支持300万主张：

• 债权人书面确认收到300万（如借条补充条款、收据）；
• 证人证言证明现金交付200万；
• 录音、聊天记录等证明双方对300万借款达成合意。

2. 合同效力：借款合同与实际履行不一致

根据《民法典》第六百七十九条，自然人之间的借款合同自贷款人提供借款时成立。若借款合同约定300万，但实际仅交付100万，法院可能认定：

• 借款合同部分生效（100万部分）；
• 未交付的200万因未实际履行而未生效。

风险提示：若借款人无法证明200万已交付，可能被认定为“虚增债务”，甚至涉嫌虚假诉讼（需承担刑事责任）。

3. 举证责任：借款人需承担200万交付的证明责任

根据“谁主张，谁举证”原则，借款人需证明300万借款已全部交付。若仅能提供100万转账记录，法院可能要求其补充证据。若无法补充，需承担举证不能的不利后果（即200万不被认定）。

4. 实务建议

• 对借款人：保留所有资金交付凭证（如银行流水、收据），避免口头约定；若涉及大额现金交付，建议通过银行转账或要求债权人出具收条。
• 对债权人：核对借款合同与实际交付金额是否一致，避免签署“阴阳合同”；若借款人未全额收款，及时要求修改合同或补充协议。

结论：法院判决需以证据为基础，若仅有100万转账记录，300万借款主张可能被部分或全部驳回。具体案件需结合其他证据综合判断，建议提供完整证据链以维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。