当打官司时被告不承认，但原告证据齐全，法院会根据证据的“三性”即真实性、合法性、关联性进行审查，并结合其他证据综合判断，最终依据法律和查明的事实进行裁判。具体来说：
证据的“三性”审查：
- 真实性：法院会审查证据的来源是否正规、内容是否可靠。即使被告否认，只要证据能证实其来源正规、内容靠谱，法院也会认可其真实性。例如，书证原件如果有清晰的来源和制作过程，法院一般会认可其真实性。
- 合法性：证据的收集方式等必须符合法律规定。如果证据是通过合法手段收集的，那么它就是合法证据，即便被告否认，法院也会采信。
- 关联性：证据必须与案件事实联系紧密，对证明关键事实有用。如果证据与案件无关，或者对证明案件事实没有帮助，那么即使被告不否认，法院也不会采信。
综合其他证据判断：
- 法院不会仅凭单一证据就作出判决，而是会结合其他证据进行综合判断。如果其他证据能与原告提供的证据相互印证，形成完整的证据链，那么即使被告否认，法院也可以根据证据链来认定事实。
法律和事实的裁判：
- 法院最终会依据法律和查明的事实进行裁判。如果原告的证据经审查能证明其主张，那么即使被告不承认，法院也会支持原告的合理诉求。反之，如果原告的证据无法达到证明标准，那么即使被告未否认，法院也不会仅凭该证据作出对原告有利的判决。
举例说明：
假设在一个合同纠纷案件中，原告提供了合同原件、转账记录、聊天记录等一系列证据来证明其与被告之间存在合同关系，并且原告已经履行了合同义务。而被告则否认合同的存在，并拒绝承认原告提供的所有证据。在这种情况下，法院会首先审查原告提供的证据是否真实、合法、关联。如果证据符合这些要求，并且其他证据也能与之相互印证，形成完整的证据链，那么法院就会认定原告的主张成立，并作出对原告有利的判决。
特殊情况处理：
- 如果被告单纯否认却无反证支持，其否认通常不影响法院对证据的认定。
- 如果被告提出反驳证据，法院会对双方证据进行质证、对比与判断，遵循证据规则确定证明力大小。
建议：
- 作为原告，在打官司前一定要确保自己的证据齐全、真实、合法、关联。
- 如果遇到被告不承认的情况，不要慌张，要相信法院会依法进行审查并作出公正的判决。
- 如果有需要，可以申请证人出庭、做鉴定等辅助证明自己的主张。
在打官司过程中，证据是关键。只要原告的证据齐全且符合法律要求，即使被告不承认，法院也会依法进行裁判。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。