农田灌溉井取水养鱼是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法取水养鱼的条件
无需许可的小额取水：
- 如果取水量较小，且主要用于家庭生活或零星散养、圈养畜禽饮用等，通常不需要申请取水许可。但这类取水一般不包括用于养鱼等商业用途，除非取水量极小且对水资源影响微乎其微。不过，具体是否需要许可还需参照当地对“少量取水”的具体界定。
申请取水许可证：
- 根据《中华人民共和国水法》第四十八条，直接从江河、湖泊或地下取用水资源，且取水量较大的单位和个人，必须向水行政主管部门或流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。若用于养鱼，且取水量达到需要许可的标准，则必须依法申请取水许可证。
- 取水许可证上会明确取水地点、取水量、取水方式等具体要求，用水单位或个人需严格按照许可证规定进行取水。
缴纳水资源费：
- 取得取水许可证后，用水单位或个人还需按国家规定缴纳水资源费。这是国家对水资源进行管理和保护的重要手段，也是合法取水养鱼的必要条件之一。
二、非法取水养鱼的后果
未经许可擅自取水：
- 在应办理取水许可而未取得许可证的情况下擅自取水用于养鱼，属于违法行为。水行政主管部门有权责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以罚款。
未按许可规定取水：
- 即使取得了取水许可证，但如果未按照许可证上的要求（如取水地点、取水量、取水用途、取水方式等）进行取水，同样构成违法。相关部门可能会要求限期整改，情节严重的，可能会吊销取水许可证并予以罚款。
法律责任：
- 非法取水养鱼不仅可能面临行政处罚，如罚款、吊销取水许可证等，还可能在严重情况下构成犯罪，需要承担刑事责任。例如，如果取水行为导致地下水资源严重枯竭或污染，就可能触犯刑法。
三、特殊情况下的合法性
- 农业抗旱等紧急情况：在农业抗旱等紧急情况下，即使未取得取水许可证，也可能因符合特定条件和程序而被视为合法取水。但这种情况通常是暂时的，且需遵守相关部门的具体指导。不过，这种紧急情况下的合法取水一般不包括用于养鱼等非紧急用途。
四、建议与指导
- 咨询当地水行政主管部门：在决定利用农田灌溉井取水养鱼之前，务必咨询当地的水行政主管部门，了解具体的取水规定和要求。这可以确保你的取水行为合法合规，避免不必要的法律风险和经济损失。
- 注重水资源保护：在取水养鱼的过程中，应注重水资源保护，避免过度取水导致地下水资源枯竭或污染。这不仅是法律的要求，也是对环境和社会负责的表现。
总的来说，农田灌溉井取水养鱼是否违法，关键在于是否依法申请了取水许可证、缴纳了水资源费，并严格按照许可证规定进行取水。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。