原配能否起诉，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、款项性质是关键
若款项属于夫妻共同财产：
- 在婚姻关系存续期间，夫妻共同财产属于双方共同共有。若原配的丈夫未经允许，将夫妻共同财产赠与“小三”，这种赠与行为侵犯了原配对共同财产的平等处理权。
- 即便“小三”已将钱还给原配的丈夫，原配仍有权以侵犯夫妻共同财产权为由，向法院提起诉讼，要求确认赠与行为无效，并主张“小三”返还财产（若财产未完全返还或存在其他争议）。此时，原配需提供充分证据证明赠与行为存在，如转账记录、聊天记录等。
若款项属于丈夫对“小三”的个人赠与等合法来源：
- 若款项是丈夫的个人财产，且其赠与行为不违反法律法规或公序良俗，原配一般难以起诉成功。因为丈夫有权处分自己的个人财产。
二、还钱过程是否存在特殊情况
“小三”被胁迫还钱：
- 如果“小三”是在被胁迫的情况下还钱的，这种还钱行为可能被撤销。此时，原配需根据实际情况来处理，可能需要重新考虑是否起诉以及起诉的理由。
还钱过程正常，无新侵权或财产未归还：
- 若还钱过程正常，没有新的侵权行为或者还有财产未归还等情况，原配再以同样的理由起诉“小三”，法院一般不会支持。因为在此情况下，原配的权益已经得到了恢复或部分恢复。
三、原配可能的其他诉求
精神损害赔偿：
- 除了财产返还外，原配还可能主张精神损害赔偿。如果“小三”的介入行为给原配造成了严重精神损害，如导致原配精神崩溃、长期抑郁等，原配可以在起诉时提出这一诉求。法院会根据具体案情、证据等判断是否支持该诉求。
追究丈夫的责任：
- 原配还可能追究丈夫擅自处分夫妻共同财产的责任。根据法律规定，丈夫在处分夫妻共同财产时，应当与原配协商一致。若丈夫未经允许擅自处分，原配可以要求其承担相应的法律责任。
法律建议
- 收集证据：原配在起诉前，应尽可能收集相关证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等，以证明赠与行为的存在以及款项的性质。
- 咨询专业律师：由于此类案件涉及复杂的法律关系和证据认定，原配在起诉前最好咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。
- 注意诉讼时效：原配在起诉时，还应注意诉讼时效的问题。一旦超过法定时效，可能影响权益的有效维护。
举例说明：假设原配发现丈夫将大额夫妻共同财产赠与“小三”，并提供了转账记录作为证据。即便“小三”已将钱还给丈夫，但原配认为赠与行为侵犯了其权益，仍可以向法院提起诉讼，要求确认赠与行为无效并主张返还财产（若财产未完全返还）。法院在审理时，会综合考虑款项性质、还钱过程以及相关证据等因素，作出是否支持原配诉求的判决。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。