法院以40万的价格拍卖90万的房子，若拍卖程序合法，则该拍卖结果有效。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 拍卖价格的合理性

拍卖价格由市场竞价决定，可能受到多种因素的影响，如市场状况、拍卖参与度、房产的具体情况等。因此，即使房子的市场估值为90万，但在拍卖过程中，若竞拍者出价不高，最终成交价格可能远低于市场估值。这并不表示拍卖程序存在问题，而是市场竞争的结果。

二. 拍卖程序的合法性

根据相关法律法规，法院在执行拍卖时，必须遵循一定的程序，确保拍卖的公开、公平、公正。若拍卖程序存在瑕疵，如未依法通知当事人、未公开拍卖信息、拍卖过程中存在欺诈行为等，则可能导致拍卖结果无效。但在此问题中，我们并未得知拍卖程序是否存在问题，因此，基于题目描述，我们假定拍卖程序是合法的。

三. 拍卖结果的有效性

在拍卖程序合法的前提下，即使拍卖价格远低于市场估值，拍卖结果也是有效的。因为拍卖是一种特殊的交易方式，其价格由竞拍者自行决定，并受到市场竞争的影响。法院作为拍卖人，只负责提供拍卖平台，确保拍卖程序的合法性，而不负责决定拍卖价格。

综上所述，若90万的房子被法院40万拍卖，且拍卖程序合法，则该拍卖结果有效。这是市场竞争和拍卖程序共同作用的结果。若您对拍卖程序或结果存在疑问，建议咨询法院或相关法律机构，以获取更详细的法律意见。如有进一步需要，您可以继续咨询我。