公司并非在所有情况下都有权利扣除员工工资，其扣薪行为必须严格遵循法律法规，并基于合法、合理的事由。以下是对此问题的详细分析：
一、公司有权扣除工资的法定情形
代扣代缴个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，公司有义务代扣代缴员工的个人所得税。这是公司的法定义务，也是员工应尽的纳税义务。
代扣代缴社会保险费用：包括养老保险、医疗保险、失业保险等。这些费用是员工享受社会保险待遇的基础，公司有义务代扣代缴。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：在特定法律程序中，如离婚诉讼、赡养纠纷等，公司可能需要根据法院的判决或裁定结果代扣相关费用。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿：若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可依法要求赔偿。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反公司规章制度或劳动合同的违约金：如提前解除劳动合同的服务期违约金、违反竞业限制的违约金等。但需注意，这些违约金必须符合法律规定的条件，且不得违反公平、合理的原则。
事假期间未提供劳动的无薪处理：员工请事假期间，由于未提供劳动，公司可不支付工资。这是基于劳动关系的对等性原则。
绩效挂钩的工资调整：若劳动合同明确约定绩效工资与考核结果挂钩，公司可根据考核结果进行相应扣减。但需确保考核标准的公平、合理，并提前告知员工。
二、公司无权扣除工资的情形
迟到、早退罚款：除非劳动合同或规章制度有明确约定且程序合法，否则公司不得以迟到、早退为由直接罚款。这种罚款行为可能缺乏法律依据，且容易引发劳动争议。
旷工一天罚三天工资：此类惩罚性扣款通常缺乏法律依据。旷工期间的工资可按无薪处理，但额外罚款无效。公司应通过合理的考勤管理制度来规范员工的出勤行为。
强制乐捐等变相罚款：未经员工同意的强制性捐款或罚款均属违法行为。这种行为侵犯了员工的财产权，也违背了劳动关系的平等、自愿原则。
未完成工作任务的全额扣薪：除非劳动合同明确约定任务完成与工资全额挂钩，否则公司不得以此为由全额扣发工资。公司应通过合理的绩效考核制度来激励员工完成工作任务。
怀孕女职工产检时间扣薪：女职工产检时间视为正常出勤，公司应支付工资。这是基于对女性劳动者的特殊保护原则。
以实物代替货币工资：工资应以货币形式支付，不得以实物折抵。这是基于工资支付的法定形式要求。
员工辞职扣工资：员工依法辞职时，公司不得无故扣押工资。公司应按照劳动合同的约定和法律规定，及时足额支付员工的工资。
三、公司违法扣薪的法律后果
行政责任：劳动行政部门可责令限期支付差额，逾期加付赔偿金（应付金额50%-100%）。这是对公司违法扣薪行为的行政处罚。
民事责任：员工可通过劳动仲裁或诉讼主张补发工资及经济补偿金。这是对公司违法扣薪行为的民事救济途径。
刑事责任：恶意欠薪数额较大或持续时间较长的，可能被追究刑事责任。这是对公司严重违法扣薪行为的刑事制裁。
建议：如果公司存在违法扣薪的行为，员工应首先与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，避免因合同条款不明确而引发劳动争议。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。