针对您提出的问题“无证驾驶在事故中承担次要责任，车主已经赔偿，保险公司还能代位追偿车主么”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，无证驾驶是一种严重的交通违法行为，它不仅违反了交通法规，更可能对自身和他人的生命财产安全造成严重威胁。在发生交通事故时，如果驾驶人未取得驾驶资格，那么根据相关法律法规，保险公司在先行赔付后，是有权向实际侵权人（即无证驾驶者）进行追偿的。

具体到您的情况，虽然车主已经进行了赔偿，但这并不影响保险公司根据法律规定向无证驾驶者进行追偿的权利。因为保险公司的赔付是基于其与车主之间的保险合同关系，而追偿则是基于无证驾驶者的违法行为和由此造成的损害后果。

根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十五条的规定，驾驶人未取得驾驶资格或者未取得相应驾驶资格，导致第三人人身损害的，当事人请求保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿，人民法院应予支持。同时，该条第二款也明确规定，保险公司在赔偿范围内向侵权人主张追偿权的，人民法院应予支持。

此外，《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条也规定了类似的内容，即驾驶人未取得驾驶资格发生交通事故的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿。

因此，结合上述法律法规和案例，我们可以得出结论：在无证驾驶导致的事故中，即使车主已经进行了赔偿，保险公司仍然有权在赔付范围内向无证驾驶者进行追偿。这是为了维护交通秩序，保障道路交通安全，以及保护其他道路使用者的合法权益。

最后，我想提醒广大驾驶人员，一定要持证上岗，安全驾驶。无证驾驶不仅是对自己生命的漠视，更是对他人生命财产安全的威胁。请务必遵守交通法规，共同营造一个安全、有序的交通环境。