当工程施工与设计不符时，应依据具体情况采取相应措施，并通过合同约定、协商、第三方检测、追究违约责任、解除合同、诉讼或仲裁以及报告监管部门等途径解决纠纷。以下是详细的分析与建议：

一、具体处理措施

1. 返工处理：若工程质量缺陷无法通过修补满足规定的质量标准要求，或不具备补救可能性，必须采取返工处理。例如，基础钢筋配筋错误需拆除重新施工。

2. 返修处理（修复）：对于部分工程质量问题，可通过返修使其满足质量要求。如混凝土结构出现蜂窝、麻面，可采取剔凿、抹灰等方法修补；屋面防水层轻微渗漏可重新做防水处理。

3. 加固处理：针对危及承载力的质量缺陷，通过结构加固补强提高其承载能力。例如，柱混凝土强度不足时，可采用外包型钢、粘贴钢板等加固方法。

4. 限制使用：当工程质量缺陷无法完全修复但不影响结构安全和使用功能时，可按限制使用处理。如教学楼梁挠度超标，可限制使用荷载、人数等。

5. 更换：对于无法修复或返工的材料或构件，应进行更换，使用符合质量标准的新材料或新构件。

6. 报废处理：采取上述处理方法后仍不能满足质量要求或标准的工程，必须予以报废处理。

7. 减少价款：当以上措施不适用或已造成损失时，可与施工方协商减少工程价款，以弥补因质量问题造成的损失。

二、相关责任追究及纠纷解决

1. 查看合同约定：首先应依据建设工程施工合同中的约定来确定责任和处理方式。合同通常会对质量标准、验收程序、违约责任等作出明确约定。

2. 协商解决：建设单位与施工单位应及时沟通，协商解决方案，包括返修、整改的时间、费用承担等事项。协商解决具有灵活性和高效性。

3. 第三方检测：双方对工程质量有争议时，可委托有资质的第三方检测机构进行检测。检测报告作为确定工程质量状况和责任归属的重要依据。

4. 追究违约责任：施工单位行为构成违约时，建设单位有权按照合同约定追究其违约责任，包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。

5. 解除合同：施工质量严重不符合要求且施工单位拒绝整改或整改后仍无法达到合格标准时，建设单位有权解除合同，并要求施工单位承担赔偿责任。

6. 提起诉讼或申请仲裁：无法通过协商解决纠纷时，建设单位可向有管辖权的人民法院提起诉讼或根据合同中的仲裁条款向约定的仲裁机构申请仲裁。

7. 报告监管部门：同时，可向当地建筑工程质量监督部门报告质量问题。监管部门会对工程质量进行调查，并根据调查结果采取相应的行政措施。

三、注意事项

• 在处理此类问题时，务必保留好所有相关证据和文件，如施工合同、质量检验报告、照片、视频等。这些证据在后续的责任追究和纠纷解决中至关重要。
• 及时咨询并向我提问，以确保权益得到充分保护。作为专业律师，我将根据具体情况提供针对性的法律建议。

建议：面对工程施工与设计不符的情况，建设单位应首先保持冷静，依据合同约定和相关法律法规采取相应措施。同时，积极与施工单位沟通协商，寻求妥善解决方案。若协商无果，可及时寻求法律途径解决纠纷。