同工同酬的工资一般由用人单位负责发放。以下是对这一问题的详细分析：
一、用人单位作为工资发放主体的法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位作为雇佣劳动者的主体，有责任按照法律规定和合同约定，为劳动者提供相应的劳动报酬。这包括基本工资、奖金、津贴等所有形式的劳动报酬。在一个企业或组织中，人力资源部门通常承担着工资发放的具体工作，他们会根据劳动者的工作岗位、工作时间、工作绩效等因素，计算出应得的工资数额，并通过银行转账、现金发放等方式将工资支付给劳动者。
二、特殊情况下工资发放主体的变化
虽然一般情况下用人单位是工资发放的主体，但在一些特殊情况下，可能会涉及到其他主体参与同工同酬工资的发放。例如：
劳务派遣情况：在劳务派遣中，劳务派遣单位需要按照约定向用工单位收取一定的费用，而用工单位则需要按照同工同酬的原则向劳务派遣单位支付劳动者的工资。此时，劳务派遣单位和用工单位都可能参与到工资的发放过程中。但无论如何，最终的责任仍然在于确保劳动者能够获得与其工作相匹配的报酬。
外包或合作情况：在某些外包或合作项目中，可能存在多个主体共同参与的情况。此时，工资的发放可能由主导方或合同约定的主体负责。但同样，必须确保劳动者的同工同酬权益得到保障。
三、工资发放的注意事项
严格遵守法律规定：无论是用人单位还是其他参与工资发放的主体，都必须严格遵守《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定，确保工资的发放符合法定标准和程序。
确保工资发放的公正性和透明度：工资的计算和发放应当公正、透明，避免出现因性别、年龄、民族等因素导致的工资差异。同时，应当建立完善的工资发放记录和档案管理制度，以便在需要时进行查询和核实。
及时处理工资发放中的问题：如果在工资发放过程中出现问题或争议，应当及时进行处理和解决。可以通过内部协商、调解或仲裁等方式来解决争议，确保劳动者的合法权益得到保障。
总结来看，同工同酬的工资一般由用人单位负责发放。但在一些特殊情况下，可能会涉及到其他主体的参与。无论哪种情况，都必须确保劳动者的同工同酬权益得到保障。如果您在工资发放方面遇到任何问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。