《民法典》第五百四十三条并不能直接证明工程变更必须由施工单位盖章。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款解读
《民法典》第五百四十三条规定：“当事人协商一致，可以变更合同。”这一条款主要阐述了合同变更的基本原则，即双方当事人通过协商达成一致，可以对合同内容进行变更。然而，该条款并未具体规定合同变更的形式或程序，特别是未提及工程变更是否必须由施工单位盖章。
二、工程变更的实践与法律要求
工程变更的实践：
- 在建设工程领域，工程变更可能涉及设计变更、施工条件变更、工程量变更等多种情况。
- 变更的提出、审批和实施通常需要遵循一定的程序和规范，以确保工程质量和安全。
法律对工程变更的要求：
- 法律并未明确规定工程变更必须由施工单位盖章。工程变更的合法性和有效性主要取决于变更是否经过双方当事人的协商一致，以及是否符合相关法律法规和合同条款的规定。
- 在实际操作中，为了确保变更的明确性和可追溯性，双方当事人可能会选择以书面形式（如变更协议、补充协议等）确认变更内容，并可能要求相关方（包括施工单位）在协议上盖章。但这并非法律强制要求，而是双方为了保障自身权益而采取的常见做法。
三、工程变更的盖章问题
盖章的意义：
- 盖章在法律上通常被视为对文件内容的确认和接受，具有证明文件真实性和合法性的作用。
- 在工程变更中，如果双方约定以盖章作为变更生效的条件之一，那么施工单位盖章将成为变更有效的重要依据。
非强制要求：
- 然而，盖章并非工程变更的法定要求。如果双方未明确约定盖章作为变更生效的条件，那么即使未盖章，只要变更内容经过双方协商一致并符合相关法律法规和合同条款的规定，变更仍然有效。
四、建议与注意事项
明确变更程序：
- 在签订建设工程合同时，双方应明确工程变更的程序和要求，包括变更的提出、审批、实施和确认等环节。
- 可以约定变更应以书面形式进行，并明确双方在变更过程中的权利和义务。
保留证据：
- 在工程变更过程中，双方应妥善保留相关证据，如变更协议、补充协议、会议纪要、往来函件等。
- 这些证据将有助于在发生争议时证明变更的合法性和有效性。
咨询专业律师：
- 如果在工程变更过程中遇到法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。
如有任何关于建设工程合同或工程变更的法律问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。