关于协议逾期还款时支付的本金计算问题，实际上核心在于理解逾期还款违约金的计算方式，因为这部分费用通常是基于未偿还的本金来计算的。以下我会从常见计算方法、法律规定以及注意事项三个方面，为您详细阐述逾期还款时本金相关费用的计算逻辑。
一、常见计算方法
固定比例计算：
- 这种方式是按照未偿还本金的一定比例来计算违约金。例如，如果合同约定逾期还款违约金为每日0.05%，而您逾期未还的本金是10万元，那么每天的违约金就是100,000元 × 0.05% = 50元。
分段累进计算：
- 这种方式将逾期时间划分为不同的阶段，每个阶段的违约金比例不同。比如，逾期1-30天，违约金比例为每日0.03%；逾期31-60天，违约金比例为每日0.06%；逾期超过60天，违约金比例为每日0.1%。这样，逾期时间越长，需要支付的违约金就越多。
综合费用计算：
- 除了考虑本金外，还可能将利息等因素纳入违约金计算范围。例如，合同可能规定逾期违约金=未偿还本金×逾期天数×日利率+（逾期利息-已支付利息）。这种情况下，计算会相对复杂一些，需要同时考虑本金和利息。
二、法律规定
民间借贷：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，出借人与借款人既约定了逾期利率，又约定了违约金或者其他费用，出借人可以选择主张逾期利息、违约金或者其他费用，也可以一并主张，但总计超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）四倍的部分，人民法院不予支持。
金融机构贷款：
- 银行等金融机构在与借款人签订贷款合同时，对于逾期还款违约金的计算方式和标准通常有明确的规定，并且这些规定需要在法律法规允许的范围内。例如，信用卡逾期还款，银行通常会按照每日万分之五左右的标准收取逾期利息，同时可能还会收取一定的滞纳金（现在多数银行称为违约金）。
三、注意事项
查看合同条款：
- 在计算逾期还款违约金之前，一定要仔细阅读借款合同中的相关条款，明确违约金的计算方式、标准和起始时间等重要信息。
保留证据：
- 如果出现逾期还款的情况，要注意保留相关的还款记录、沟通记录等证据，以备在发生纠纷时维护自己的合法权益。
协商解决：
- 如果因为特殊原因导致无法按时还款，应及时与债权人沟通协商，看是否能够调整还款计划或减免部分违约金。
综上所述，协议逾期还款时支付的本金相关费用（主要是违约金）的计算方式取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。在计算时，需要仔细阅读合同条款，了解违约金的计算方式和标准，并保留好相关证据。如果遇到特殊情况无法按时还款，应及时与债权人沟通协商。